W połowie lipca gen. Wielhorski zostawił w Wilnie niewielką załogę pod komendą Jerzego Grabowskiego, w Niemieży dla osłony stolicy postawił generała Jana Jakuba Meyena (1753-?) z dwutysięcznym oddziałem. Sam zaś ze swoim korpusem udał się w kierunku Lidy.
„Tymczasem rosyjski generał Bogdan Fiodorowicz Knorring (1746-1825) — pisze Henryk Mościcki — widząc Wilno bez żadnej prawie obrony, porozumiał się z Walerianem Aleksandrowiczem Zubowem (1771-1804) i w nocy z 17 na 18 lipca ruszył forsownym marszem z obozu między Sołami a Raczunami w powiecie oszmiańskim na Wilno, piechotę wioząc na furmankach. Dla obserwacji wojska Wielhorskiego zostawił Knorring połowę swego korpusu, Wielhorski zaś, powiadomiony zbyt późno o wyruszeniu Rosjan pod Wilno, dopiero w nocy z 18 na 19 z połową swego oddziału pośpieszył na odsiecz, pozostawiając w Woronowie resztę wojska pod dowództwem Pawła Grabowskiego.
19 lipca Rosjanie przypuścili szturm na Wilno. Miasta broniło 350 żołnierzy regularnych i około 1 000 mieszczan uzbrojonych w kosy i piki. Część mieszkańców w panice uciekła za Wilię. Zubow posunął się traktem ku Zarzeczu, którego bronił podpułkownik inżynierów Górski. Siły rosyjskie, pod dowództwem gen. Bogdana Fiodorowicza Knorringa liczyły ok. 8 tys. ludzi i kilkanaście armat. Gen. Knorring podstąpił pod okopy, znajdujące się pod Ostrą Bramą, bronione przez gen. Meyena. Jednocześnie granaty rosyjskie zapaliły przedmieścia Ostry Koniec i św. Stefana. Tylko od północy Wilia zasłaniała miasto przed nieprzyjacielem i jedyną tą drogą przez Zielony Most schronił się magistrat na Śnipiszki, gdzie także uciekała zamożniejsza i trwożliwsza ludność miasta. Po dwukrotnym ataku, pomimo największego oporu, drogą usłaną trupami wpadł Zubow na Zarzecze. Kozacy i jegry pod dowództwem pułkownika Kuźmina-Karawajewa zapalili to przedmieście, ucierpiał wówczas klasztor sióstr bernardynek zarzecznych i kościół Bernardyński. Następnie uderzyli na bramę miejską, ale tu spotkał ich dzielny odpór komendanta miasta, Jerzego Grabowskiego. W walce tej padł pułkownik Kuźmin Karawajew”.
Gdy walki toczyły się na Zarzeczu, na gen. Meyena uderzyli Rosjanie całą siłą, po wysłaniu jegrów do wąwozów przyległych do okopów, przecięli mu komunikację z miastem. Ze wszystkich stron otoczony, gen. Meyen opuścił okopy i z oddziałem zdołał przedrzeć się przez szeregi nieprzyjacielskie i podążyć na spotkanie nadciągającego z Woronowa Wielhorskiego. W mieście pozostało do obrony, jak wspomniano, tylko 320 żołnierzy i około tysiąca źle uzbrojonych mieszczan, kosynierów i pikinierów. Nieprzyjaciel, zawładnąwszy okopami, usiłował zdobyć bramy: Ostrą, Rudnicką i Trocką, wszędzie jednak został ze stratami odparty. Jednocześnie trwała nieustanna kanonada z dział ośmiofuntowych. W nocy walkę przerwano. Wilno na razie pozostało w rękach powstańców.
Nad ranem 20 lipca sądząc, że wskutek odwrotu gen. Meyena i wyczerpania środków obrony, załoga również ustąpiła, gen. Bogdan Knorring „w paradzie i z muzyką” podstąpił pod bramy miasta. Ale przywitany ogniem kartaczowym „upewnił się o bytności obrońców”. Nie cofnął się jednakże, lecz przypuścił gwałtowny szturm. Pułkownik Michaił Iwanowicz Diejew na czele oddziału kozaków zbliżył się ku Ostrej Bramie, zupełnie pozbawionej obrony. Gdy z triumfem wjeżdżał w bramę, to, jak pisze H. Mościcki — „nagle padł strzał z okna kaplicy Pociejowskiej i ranił śmiertelnie pułkownika M. Diejewa. Szturmujący odstąpili w nieładzie”.
Henryk Mościcki pisze, że „Diejewa miał zabić podobno braciszek z zakonu karmelitów bosych, ks. Celica”. Jednakże według ustnej tradycji wileńskiej, powtórzonej po latach przez Adama Mickiewicza, Diejew został zabity strzałem armatnim:
Jak nie wierzono w Wilnie ubogiej kobiecie,
Która, stojąc na świętej Ostrej Bramy szczycie,
Widziała, jako Dejów, moskiewski jenerał,
Wchodząc z pułkiem kozaków, już bramę otwierał-
I jak jeden mieszczanin, zwany Czarnobacki
Zabił Dejowa i zniósł cały pułk kozacki.
Dosyć, że się tak stało, jak przewidział Ryków:
Jegry w tłumie ulegli mocy przeciwników.
Dwudziestu trzech na ziemi wala się zabitych,
Trzydziestu kilku jęczy, ranami okrytych,
Wielu pierzchło, skryło się w sad, w chmiele, nad rzekę,
Kilku wpadło do domu pod kobiet opiekę.
Tak czy inaczej, Rosjanie tym razem odparci, nie opuścili okolic miasta, które 11 sierpnia ponownie zaatakowali. Po zdobyciu szturmem okolicznych wzgórz, generał Knorring rozpoczął bombardowanie, aby tym razem zmusić miasto do uległości. Podczas tego szturmu płonęły przedmieścia wileńskie.
Wówczas rada miejska, otrzymawszy od generała A. Chlewińskigo oświadczenie, że nie widzi możliwości dalszej obrony, wystosowała do Knorringa list w imieniu całego miasta, w którym zapewniła, że „miasto Wilno i mieszczanie… z ukontentowaniem największym… wojska tej dobroczynnej Monarchini w mieście i w domach swych utrzymywało, nic na zdradę wojska nie umyśliło, ani też nigdy czyniło, lecz w granicach spokojności zawsze zachowywało się… Uciekamy się — pisała Rada — do Pana Miłościwego Dobrodzieja, obieramy go za obrońcę i protektora nas i miasta tego… Żebrzemy tylko jego litości, broń nas i niewinne dzieci obywatelskie, którzy o niczym nie wiedzieliśmy, od rabunku i niewinnej krwi rozlewu”. List doręczono Knorringowi w obozie za miastem rankiem 12 sierpnia 1794 r., po czym wojsko rosyjskie weszło do miasta. Wobec gen. Chlewińskiego zastosowano areszt domowy i wszczęto śledztwo w sprawie obrony Wilna. Klęska pod Maciejowicami położyła kres dochodzeniu. Wilno zostało pod władzą rosyjską 125 lat.
30 października 1794 roku zarząd województwa wileńskiego oddany został generał-gubernatorowi Nikołajowi Repninowi (1732-1801), który był autorem tekstu aktu abdykacji podpisanego 25 listopada 1795 r. w Grodnie przez Stanisława Augusta Poniatowskiego.
7 grudnia 1794 roku przybył Repnin z Grodna do Wilna.
Tu mu nie okazano takiej atencji — pisze Żytkowicz — jak w Grodnie, ale pocieszał się tym, że szlachta tutejsza już się rozjechała do swych wsi i tam siedzi spokojnie. Natomiast Repnin został przywitany przez kapitułę, akademię, magistrat i cechy. Na przyjęciu w pałacu biskupim zwrócił się do obecnych tam przedstawicieli duchowieństwa, akademii i magistratu z przemówieniem:
„Miło mi jest powitać WPanów nawzajem jak moich współobywateli i razem zalecić wierność i posłuszeństwo rządowi dla własnego ich uszczęśliwienia. Nie mam zdaje się potrzeby przypominać wam zbrodni, która was zgubiła; spojrzyjcie na ten portret, który tu widzicie w tym domu biskupim, oto i ten przypomina wam, że wasz senator i biskup (Józef Kazimierz Kossakowski — MJ) haniebną śmiercią zginął od buntowników. Wreszcie oświadczam otwarcie, że na wszystkie wasze postępki, a nawet słowa będzie baczność rządowa, i że jestem nieprzyjacielem nieprzyjaciół mojej monarchini. Duchowieństwo niech naucza uległości i posłuszeństwa rządowi, magistrat niech powinności swojej pilnuje, akademia niech się stara więcej formować ludzi poczciwych niż fałszywie uczonych”. W Wilnie zabawił Repnin do 14 grudnia.
A 14 grudnia tego roku Wilno utraciło status stolicy Wielkiego Księstwa Litewskiego i otrzymało nazwę miasta gubernialnego nowo utworzonej guberni wileńskiej. Po trzecim rozbiorze Rzeczypospolitej Wilno zostało definitywnie wcielone do Rosji, natomiast 28 grudnia 1794 w Wilnie „publiczną w kościele św. Jana — notuje biskup Kossakowski — wszyscy duchowni i obywatele województwa wileńskiego wykonali przysięgę na wierność i posłuszeństwo Najjaśniejszej Monarchini i jej następcy. Ksiądz Kundzicz czytał rotę przysięgi i stosowne miał do niej kazanie”. Ponadto tegoż dnia w kościele św. Kazimierza złożyły przysięgę władze miejskie z Nikodemem Przemienieckim, prezydentem miasta na czele oraz 71 kupców, 154 mieszczan posesjonatów i 665 rzemieślników. Wieczorem miasto iluminowano.
Administratorem Wilna został Niemiec, zdobywca Wilna, Bogdan Knorring.
„Można mu przyznać – pisze Żytkowicz – pewną dbałość o stan kraju i pozyskanie zaufania obywateli”.
W Wilnie w ostatnich miesiącach 1794 r. magistrat na żądanie Knorringa pobierał podatek wałowy na reperację murów miejskich oraz piecowy, a mianowicie od każdego pieca w mieście po 3 zł, na przedmieściu w dworku — 2 zł, w chałupie 1 zł, poza tym za piece specjalne, jak piekarskie, browarskie, aptekarskie itp. podatek wynosił od 6 do 40 zł. Poza tym ściągano opłaty czopowe (podatek od napoju — MJ) i konsumpcyjne. Po zajęciu Wilna przez Rosjan dług miasta wynosił 129.073 złotych polskich. Liczba ta o wiele przerastała dochody miasta. W maju 1795 Knorring wyjechał na urlop i na Litwę nie powrócił. Zastąpił go na krótko brygadier Aleksander Butkiewicz. Butkiewicza zastąpił Aleksander Tormasow, wkrótce pierwszy gubernator wileński.
Po przyłączeniu Wilna do Rosji w 1795 roku prawo magdeburskie zostało zniesione, a magistrat miasta urządzono na zasadach Ustawy Miejskiej wydanej przez Katarzynę II w 1785 r. Ustawę tę przełożono na język polski i wydrukowano w języku rosyjskim i polskim w 1796 r. Na 1 grudnia 1795 zwołano w Wilnie zgromadzenie szlacheckie, na którym ogłoszono otwarcie wileńskiej i kowieńskiej guberni.
W 1795 r, w Wilnie zorganizowano policję. Składała się ona częściowo z oficerów rosyjskich, częściowo z Polaków. Dodano im do pomocy tłumaczy. Poza tym Cycjanow proponował, aby każde 10 dymów miejskich codziennie dostarczały jednego człowieka do dyspozycji władz policyjnych. W 1795 był głód w Wilnie i w okolicach. W 1796 r. według sprawozdań rządowych ludność Wilna liczyła 17.451 osób. Podczas wypadków 1794 r. ludność Wilna częściowo rozproszyła się, zbiegła z miasta.
Stanisław August po abdykacji, 3 lutego 1797 r., jadąc do Petersburga ze swoim dworem, zatrzymał się w Wilnie, gdzie spotkał się z księżną Repninową. Było to jego ostatnie spotkanie w Wilnie i pożegnanie się z dawną stolicą Wielkiego Księstwa. Natomiast gród Giedyminowy do 1915 roku pozostał we władaniu Rosjan.
Mieczysław Jackiewicz