Liczący początkowo około 150 osób wileński Ypatingasis burys SD został utworzony już w lipcu 1941. Składał się wyłącznie z ochotników narodowości litewskiej oraz kilku miejscowych Rosjan.
Dowódcą jednostki został wyjątkowo okrutny sadysta, urodzony w roku 1903 w Karlsruhe SS- Hauptscharführer Martin Weiss, w roku 1950 skazany za zbrodnie wojenne przez sąd w Würzburgu na karę dożywotniego więzienia.
Ze strony litewskiej oddziałem dowodził były oficer przedwojennej armii Republiki Litewskiej porucznik Juozas Šidlauskas, po kilku miesiącach zastąpiony na tym stanowisku przez podporucznika Balysa Norvajšę.
Latem 1943 Norvajša oraz jego główny pomocnik, również były oficer armii litewskiej Balys Lukošius, zostali skierowani na front wschodni do litewskiego batalionu operującego na Ukrainie w ramach armii niemieckiej.
Ostatnim litewskim dowódcą mocno już okrojonego personalnie Oddziału Specjalnego SD został podoficer Jonas Tumas. Mniej więcej do listopada 1941 członkowie oddziału nosili mundury przedwojennej armii litewskiej z godłem Pogoni na czapkach. Niektórzy byli ubrani wyłącznie po cywilnemu. Później nastąpiła zmiana umundurowania na zielonkawe uniformy niemieckie z naszywką „SD”.
W toku warszawskiego procesu oskarżony Jan Borkowski zeznał: „Otrzymałem legitymację służbową w języku litewskim z napisem »Ypantigasis burys« i godłem litewskim. Jesienią 1941 roku dostałem nową legitymację z orłem niemieckim i swastyką oraz z napisem »Hilfpolizei SD«. Mogłem swobodnie chodzić z tym po mieście po godzinie policyjnej. Był tam podpis dowódcy wystawiającego legitymację »Šidlauskas«”.
Kwatera Główna Ypatigasis burys SD mieściła się w Wilnie, początkowo przy Placu Katedralnym, później przy ulicy Wileńskiej. Członkowie oddziału przez cały okres okupacji niemieckiej pełnili także służbę wartowniczą w prowizorycznym obozie urządzonym w dawnym klasztorze przy ulicy Świętego Ignacego.
Przesłuchiwany w roku 1969 przez organa ścigania LSRR były członek Ypatingasis burys SD Stasys Poška zeznał: „W »oddziale specjalnym« za służbę płacili wynagrodzenie. Także dawali wyżywienie. Ponieważ mieszkałem wtedy z żoną, to brałem suchy prowiant. Inni członkowie oddziału żywili się w stołówce”.
Ludobójcze działania Ypatingasis burys SD rozpoczął już z chwilą powstania. W pierwszych miesiącach mordował ludzi nie tylko w Ponarach. W dniu 20 września 1941 członkowie oddziału rozstrzelali 403 osoby w Niemenczynie, 25 września 575 osób w Jaszunach, 27 września 3 446 ludzi w Ejszyszkach, 30 września 1 446 osób w Trokach, 6 października 962 osoby w Siemieliszkach, 9 października 3 726 ludzi w Święcianach. W mordach tych czynnie uczestniczyli prawie wszyscy członkowie Oddziału Specjalnego. Były członek oddziału Petras Čarniauskas zeznał w roku 1973 przed organami LSRR: „Butkun i Miakisz rozstrzeliwali Żydów także w Ejszyszkach, Niemenczynie, Siemieliszkach, Jaszunach i Święcianach. Tam byłem razem z nimi i dlatego o tym wiem”.
Głównym miejscem masowych egzekucji były wszakże podwileńskie Ponary. W okresie międzywojennym, w wyniku parcelacji majątku Łęckich o nazwie Biała Waka, powstało tam osiedle domków jednorodzinnych nazwane miasto-ogród Jagiellonów. Osiedle liczyło 100-200 domostw zamieszkałych przez około 1 000 osób, w zdecydowanej większości Polaków, na ogół pracowników kolei oraz urzędników.
W roku 1940 w wysokopiennym lesie przylegającym do osiedla, w odległości około 300 metrów od stacji kolejowej sowieckie władze wojskowe przystąpiły do budowy bazy paliwowej na potrzeby powstającego nieopodal lotniska. Wykopano kilkanaście dołów o głębokości 5-6 metrów i średnicy około 32 metrów. Niektóre doły zostały wybetonowane. Przeznaczone były na zbiorniki z paliwem lotniczym. Teren został ogrodzony siatką drucianą w wysokości około 4 metrów, zwieńczoną drutem kolczastym.
Do bazy prowadziły, według nieco rozbieżnych relacji, dwie lub trzy bramy. Najbliżej położone od tego miejsca domy w Ponarach dzieliła odległość nie większa niż 200 metrów. Mieszkańcy tych domów mieli możliwość przyglądania się ze strychów egzekucjom dokonywanym na bazie. Niektórych skazańców doprowadzano w pieszych kolumnach z Wilna.
Na miejsce egzekucji kierowano ich zazwyczaj przez bramę znajdującą się blisko szosy grodzieńskiej. Żydów mieszkających poza Wilnem dowożono do Ponar w transportach kolejowych. Ze stacji kolejowej kierowano ich na bazę przez bramę położoną nieopodal torów.
Innych skazańców dowożono samochodami ciężarowymi. Byli to na ogół Polacy, jeńcy sowieccy i niektórzy Litwini. Ludzi tych dostarczano do miejsca kaźni poprzez bramę znajdującą się w pobliżu tzw. szosy strategicznej, biegnącej równoległe do torów kolejowych. Na terenie bazy jako miejsca egzekucji wykorzystywano kilka dołów. Wszystkimi egzekucjami dowodził esesman Martin Weiss. Pomagało mu częstokroć kilku innych Niemców.
Zasadnicze czynności wykonawcze przeprowadzali członkowie Ypatigasis burys SD. Przed egzekucją skazańców rozbierano do bielizny. Następnie w grupach najczęściej 10-osobowych ustawiano nad dołami i pluton egzekucyjny na komendę Weissa lub Norvajšy oddawał strzały. Gdy skazańcy upadli na dno dołu, Weiss lub Norvajša strzelali do nich seriami z pistoletu maszynowego, aby dobić tych, którzy mogli przetrwać egzekucję. Skazańcy tuż przed egzekucją zachowywali się rozmaicie.
W czasie warszawskiego procesu Józef Miakisz zeznawał na tę okoliczność: „Przed rozstrzelaniem nasz oddział Sonderkommando otrzymał rozkaz od Niemców, aby dowiezionych i przeznaczonych do rozstrzelania ludzi oszołomić poprzez bicie ich różnego rodzaju pałami, rękami, tak aby oni stracili przytomność i nie uciekali (…) Raz jeden rozstrzeliwany Żyd krzyknął nad dołem po polsku: „Niech żyje Stalin”. Wówczas Weiss wyprowadził go ze stojącej dziesiątki skazańców i z pistoletu strzelił mu poniżej pasa w tył pleców, aż krew trysnęła kroczem. Ten postrzelony męczył się z 15 minut, a później dostrzelił go Weiss”.
Miakisz, tak jak inni członkowie Sonderkommando SD, rozstrzeliwał także kobiety: „Na prośbę niektórych kobiet zawiązywałem im oczy ich własnymi chusteczkami. Miało to miejsce na jesieni 1941. Wtedy było rozstrzelanych około 180 kobiet w Ponarach (…) Była zasada, aby kobieta, której zawiązywano oczy, mająca dziecko na ręku, była ustawiana twarzą do strzelającego. Chodziło o to, aby strzelający mogli trafić i dziecko i matkę. Do każdej matki z dzieckiem na ręku strzelało dwóch funkcjonariuszy Sonderkommando SD. Jeden z nich strzelał do dziecka na ręku, drugi do matki (…) Strzelałem zawsze z lewego ramienia celując lewym okiem, ponieważ prawym słabiej widziałem”.
Współoskarżony Jan Borkowski również relacjonował przed sądem zdarzenia i doznania z miejsca egzekucji: „Niektórzy skazańcy ukrywali się za pryzmami drewna lub cementu. W takich sporadycznych przypadkach sprawdzaliśmy — w tym i ja również — po czym w ten sposób ukrytego skazańca doprowadzaliśmy do grupy oczekującej na rozstrzelanie (…) Pamiętam, że wśród ukrytych skazańców były kobiety jak również mężczyźni (…) Ja zawiązałem oczy, na ich prośbę, kilkunastu mężczyznom i kobietom (…) Sam doprowadzałem do rozstrzelania dzieci w wieku 12, 13, 14, 15, 16 lat (…) Zawsze przed rozstrzelaniem jak i w czasie rozstrzelania słychać było krzyk rozpaczy, wrzaski, a niekiedy zupełny panował spokój (…) Okrzyki wydawano w języku polskim i żydowskim, a nieraz krzyk był w języku niemieckim”.
Naocznymi świadkami mordów w Ponarach byli również Polacy. Poza niektórymi mieszkańcami domów położonych najbliżej bazy byli to również maszyniści kolejowi, którym nakazywano transportowanie pociągów ze skazańcami do stacji Ponary. Zeznający w procesie warszawskim maszynista kolejowy Czesław Wojciechowski kierował takim pociągiem z Wilna jesienią 1943. „Pociąg przesunięto na boczny tor. Staliśmy tam około 2 godzin (…) Gestapowcy czekali, aż się rozjaśni (…) Egzekucja trwała ponad 2 godziny. Niemcy i żołnierze litewscy wykonujący egzekucję zmieniali się w ten sposób, że w czasie, gdy jedni byli zajęci bezpośrednio przy egzekucji, to drudzy w tym czasie odpoczywali, jedli i pili przy stołach uprzednio przygotowanych. Przez cały czas opisanego wydarzenia przebywałem w lokomotywie pociągu”.
Inny polski maszynista, mieszkaniec Wilna Marian Maciejewski w nocy z 4 na 5 kwietnia 1943 odwiózł do Ponar transport z Żydami składający się z 60 dwuosiowych wagonów towarowych, w których przewożono od 3 600 do 4 800 skazańców. W roku 2002 zamieścił w Biuletynie IPN obszerną relację: „Wjeżdżałem pomiędzy szpalery Sonderkommando. Widziałem wszystko bardzo dobrze, patrząc z okna parowozu Ok22, a więc z wysokości około 2,5 m. Oczekujący oddział oprawców nie składał się z samych litewskich szaulisów w zielonych, wojskowych mundurach, lecz również z policjantów białoruskich, w czarnych mundurach z charakterystycznymi szarymi kołnierzami. Zauważyłem tylko jednego Niemca (…) To był ich dowódca (…) W całym pociągu rozlegał się płacz, słychać było jęki, krzyki i prośby skierowane do szaulisów. Ci odpowiadali razami kolb karabinów po wyciągniętych rękach, śmiechem i drwinami”.
Niebawem na torach i wokoło stacji kolejowej powstał niebywały tumult i rwetes. Szaulisi zaczęli strzelać do ludzi szukających ratunku w bezładnej ucieczce. „Tory zaściełają już chyba tysiące zabitych i rannych. Żydzi uciekają pojedynczo i całymi rodzinami. Pada ojciec, wraca syn, stara się go podnieść, ratować. Trafiony wali się na niego. Przybiega żona czy matka, córka lub siostra. Postrzelone padają na nich, drgają, przewracają się, jęczą. Powstają całe stosy. Widzę wiszących na siatce ogrodzeniowej. To ci, którzy nie widzieli, że tam są druty. Widzieli tylko las”.
Zdarzały się jednak szczęśliwe ocalenia.
Urodzony w roku 1908 wileński Żyd Abram Blazer zeznawał na ten temat już w roku 1944, wkrótce po ponownym zajęciu Wilna przez Sowietów: „Przedtem przykazano nam wszystkim położyć się w rowie twarzami w dół. Potem na rozkaz kolejno wzywano po 6 osób w kierunku dołu. Następnie wszystkich wezwanych ustawiali na brzegu wokół dołu. Wśród nich znajdowałem się także i ja (…) Rozstrzeliwana grupa osób staczała się do dołu. W pierwszej grupie byłem także ja, lecz mnie nie zabili ponieważ, gdy usłyszałem pierwszy wystrzał, sam stoczyłem się do dołu. Za kilka sekund poczułem, że przygniatały mnie ciała tylko co rozstrzelanych osób. Widziałem i słyszałem, jak kolejna grupa za grupą staczała się do dołu. Gdy zaczął zapadać zmrok (…) korzystając z tego, że żołnierze byli nietrzeźwi i oprócz tego zajęci podziałem ubrań, ja, chociaż zdrętwiały od zimna, zebrawszy siły, odwaliłem z siebie warstwę trupów i wydostawszy się z dołu, uciekłem w kierunku lasu”.
Cdn.