W propagandzie oraz powszechnej świadomości Litwinów wydarzenia związane z wkroczeniem do Wilna wojsk generała Żeligowskiego, stały się symbolem nieprawości Polaków, imperializmu polskiego i dążeń do skolonizowania Litwy. Tymczasem ostry spór o granice oraz przynależność państwową Wilna toczył się od zarania państwowości Litwy i Polski w roku 1918. Wydarzenia z października 1920 stanowiły jedynie kolejny akt tego samego dramatu.
Odrodzone państwo litewskie powstało dzięki protekcji Niemiec. W dniu 23 marca 1918 cesarz Wilhelm II uznał niepodległość okupowanej przez wojska niemieckie Litwy. 25 maja 1918 niemiecka gazeta „Norddeutsche Allgemeine Zeitung” donosiła, że „Pan Voldemaras wraz z prezydentem Smetoną i ks. Staugaitisem składają w Kownie w połowie maja 1918 r. naczelnemu wodzowi Ober-ostu serdeczne podziękowanie za oswobodzenie i za dar wspaniałomyślny 300 000 marek”.
W przypadku Smetony chodziło oczywiście o przewodnictwo Taryby. W listopadzie i grudniu 1918 władze niemieckie udzieliły Litwie dwóch kredytów na łączną kwotę 110 milionów marek. Pomimo przegranej wojny wojska niemieckie nadal okupowały Kowieńszczyznę i Żmudź, zapewniając funkcjonowanie władz litewskich. Zależność rządu kowieńskiego od Niemców była tak duża, że władze litewskie chcąc utworzyć własną armię, musiały uzyskać oficjalną zgodę Dowództwa Wojsk Niemieckich na Wschodzie. Zgoda taka została udzielona 23 listopada 1918.
Pomimo całkowitego uzależnienia od obcego mocarstwa, rząd Taryby bez zahamowań dawał się ponosić marzeniom dotyczącym wielkości państwa litewskiego. W dniu 20 stycznia 1919 litewskie Ministerstwo Spraw Białoruskich wydało deklarację, że powiaty: augustowski, białostocki, białowieski, bielski, grodzieński, słonimski, sokólski, wołkowyski i lidzki „są obszarami państwa litewskiego”. Kilkanaście miesięcy później, tj. 20 listopada 1919 ogłoszono zasady wyborów do litewskiego Sejmu Ustawodawczego, gdzie powtórzono aspiracje do objęcia we władanie tych terytoriów. Zgodnie z tymi zasadami, wyborczy Obwód I Mariampolski obejmował m. in. Sejny i Suwałki, Obwód VII Wileński Wilno i okolice, Obwód VIII Lidzki Lidę, Oszmianę, Wołkowysk, Obwód X Grodzieński Grodno, Sokółkę, Augustów.
Największy problem Litwinów polegał na tym, że okupacyjne wojska niemieckie już na początku roku 1919 opuściły Wilno, co pozwoliło na zajęcie miasta przez najpierw przez bolszewików, a następnie, w dniu 21 kwietnia 1919, przez Wojsko Polskie. Od tego dnia aż do 14 lipca 1920 Wilno znajdowało się w rękach Polaków. W wymiarze realnym, chociaż nie prawno-traktatowym, Wileńszczyzna należała w tym czasie do Państwa Polskiego. Władzę sprawował Zarząd Cywilny Ziem Wschodnich podległy Naczelnemu Dowódcy Wojsk Polskich. Władze polskie stanowiły akty prawne obowiązujące na terenie Wileńszczyzny. Najdonioślejszym z nich był dekret Naczelnika Państwa z 29 sierpnia 1919 o powołaniu Uniwersytetu Stefana Batorego, który zainaugurował swoją działalność 11 października 1919. W uroczystościach brał udział 81-letni Władysław Mickiewicz, syn najwybitniejszego studenta wileńskiej Alma Mater.
Po podpisaniu Traktatu Wersalskiego wojska niemieckie opuściły w lipcu 1919 Kowno. W zmienionej sytuacji, w dniu 26 lipca aliancka Rada Najwyższa ustaliła linię demarkacyjną pomiędzy Litwą a Polską, wytyczoną przez marszałka Focha. Biegła wzdłuż linii kolejowej Grodno-Wilno-Dyneburg, pozostawiając po stronie polskiej Wilno, Troki, Landwarów, Nową Wilejkę. Litwini nie godzili się na taki stan rzeczy. Zerwali komunikację kolejową, drogową, pocztową i telegraficzną pomiędzy Kowieńszczyzną a Wileńszczyzną. Wilno jednakże było zamieszkane przez ludność litewskojęzyczną w niewielkiej liczbie. Sytuację narodowościową obrazowały m. in. dane dotyczące szkolnictwa w tym mieście w maju 1919. Szkół polskich wszystkich szczebli było wówczas 58. Uczyło się w nich 5 878 uczniów. Szkół żydowskich było nieco mniej, bo łącznie 29, ale uczyło się w nich aż 5 947 uczniów. Litwini mieli w Winie 7 szkół, gdzie uczęszczało 775 uczniów. Białorusini posiadali jedno gimnazjum ze 151 uczniami. W Wilnie funkcjonowały także 3 niemieckie szkoły powszechne, gdzie uczyło się 126 dzieci. Istniały nadto szkoły rosyjskie, ale co do nich nie ma szczegółowych danych.
Na początku sierpnia 1919 w Wilnie odbyły się wybory do Rady Miasta. Głosowało około 49 tysięcy osób. Polacy, startujący z dwóch odrębnych list, uzyskali w sumie 34 mandaty. Żydzi wprowadzili do Rady Miasta 14 osób. W wyborach brali udział także Białorusini, ale na ich listę głosowało zaledwie 426 osób i wobec tego nie uzyskali ani jednego mandatu. Tymczasem na Litwie Kowieńskiej okupacja wojsk niemieckich zmieniła jedynie swoją postać. Gdy na żądanie Ententy armia niemiecka zaczęła pod koniec lipca 1919 opuszczać okupowane tereny wschodnie, niektóre jednostki, zamiast wracać do Niemiec, zmieniły tylko swoją lokalizację. Dywizja generała Diebischa opuściła Augustów i zamiast wycofać się do Prus Wschodnich, została skierowana na Żmudź. Na terenie Łotwy i Litwy zaczął operować „Freikorps” pod dowództwem generała Rüdigera von der Goltza, wspomagany przez formalnie rosyjską „Armię Ochotniczą”, utworzoną przez byłego kapelmistrza carskiej orkiestry wojskowej Pawła Bermondta-Awałowa, gdzie 80 procent stanu osobowego tworzyli Niemcy z krajów bałtyckich. Jednostki te stanowiły narzędzie niemieckich militarystów, którym marzyło się utworzenie na Wschodzie „Hinterlandu”, czyli rolniczego zaplecza surowcowego Rzeszy.
Gdy komendant litewski Szawel zwrócił się do sztabu głównego „Armii Ochotniczej”, przebywającego w Kurszanach, by wytłumaczono mu, co oznacza przebywanie tej armii na terenie Litwy, otrzymał odpowiedź: „To ja winienem zapytać, kim Pan jesteś i co tu robisz, i jakim prawem stawiasz mi pytania!”. Dopowiedzieć należy, że wojska Bermondta-Awałowa formalnie podporządkowały się armii generała Judenicza i w związku z tym propagowały białogwardyjską ideę zachowania „jednej, niepodzielnej Rosji”, w skład której wchodziły także ziemie litewskie. Znalazło to później swój wymowny wyraz, gdy w październiku 1919 oddziały Bermondta zajęły Szawle i rozplakatowały odezwę do miejscowej ludności głoszącą m. in.:
„W przyszłości Rosja bez wątpienia da temu krajowi szerokie samookreślenie i autonomię”. O niepodległości Litwy nie mogło być mowy. O samo Wilno upominali się Litwini, Białorusini, nie chcieli wyrzec się go „biali” Rosjanie. Według ówczesnych słów Piłsudskiego, „Wilna żądają wszyscy”.
23 sierpnia 1919, po opuszczeniu miasta przez wojska niemieckie i zajęciu przez Litwinów, w Sejnach wybuchło lokalne polskie powstanie. Litwini zareagowali pogromem miejscowych Polaków oraz masowymi aresztowania na terenie północnej Suwalszczyzny. W zaistniałej sytuacji kowieńskie koła polonofilskie, przy wsparciu miejscowej, zakonspirowanej POW, zaplanowały dokonanie zamachu stanu. Spisek został jednakże odkryty i rząd Sleževičiusa dokonał, począwszy od 29 sierpnia, licznych aresztowań wymierzonych nie tylko w POW, ale w Polaków w ogóle.
W artykule „Prześladowania Polaków na Litwie” z 11 września 1919, wileńska gazeta „Nasz Kraj” donosiła:
„Księża litewscy w całej północnej Suwalszczyźnie i w przyległych okolicach nawołują do rżnięcia Polaków. Odznaczają się pod tym względem między innymi ks. Jozaitis i ks. Jozefaitis. Dnia 26 bm. w Kalwarii odbył się mityng, na którym ten ostatni wystąpił ze wściekłą przemową antypolską (…). Świeżo w Kownie zabroniono wystawiania obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej”.
Dodać warto, że w grudniu 1919 zakazano w Kownie noszenia rogatywek, które kilka dni wcześniej wprowadzono dla uczniów miejscowego gimnazjum polskiego.
W tamtych dniach aresztowano ponad 500 Polaków. Wśród nich znaleźli się m. in. prezydent Kowna Alojzy Brzozowski, członek prezydium Zarządu Miasta Kowna Michał Junowicz, redaktor „Ziemi Kowieńskiej” Czesław Stefanowicz, radni miejscy Perkowski i Zatorski, właściciel polskiej księgarni Ossowski, kierownik teatralny Towarzystwa „Lutnia” Szemberg, nauczyciele gimnazjum miejskiego Lucjan Matusewicz i Witold Matusewicz, nauczyciel gimnazjum polskiego Paszke.
Prasa wileńska donosiła, że niektórzy aresztanci byli bici i torturowani przez określanego mianem „kata” szefa kontrwywiadu Liudasa Girę, skądinąd poetę i późniejszego kolaboranta sowieckiego. Szokujące wydarzenia rozegrały się w Wiłkomierzu. W potyczce zbrojnej w okolicach majątku Wojtkuszki żołnierze litewscy okrążyli 12-osobowy oddział Polaków. Ośmiu z nich zginęło, czterech zostało rannych. Zwłoki poległych żołnierzy polskich obwożono ulicami miasta na pokaz w odkrytym wozie konnym. Pomocnik naczelnika milicji Plaenis wbił do rany martwego żołnierza laskę, mówiąc: „Może który przeklęty Polak jeszcze żyje”.
Prowadzący wóz krzyczał w kierunku przerażonych kobiet:
„Chodźcie tu panienki, wybierajcie sobie, którego za męża”.
W końcu okaleczone zwłoki zakopano w nieoznakowanym dole na cmentarzu. W październiku 1919 roku sytuacja polityczna w krajach bałtyckich zaczęła się niebezpiecznie zmieniać. Armia Bermondta, która powinna była wspierać Judenicza zbliżającego się do Piotrogrodu, samowolnie zaatakowała Rygę. Przez pięć tygodni ostrzeliwała stolicę Łotwy. W celu utworzenia szerszego zaplecza dla swoich działań, żołnierze Bermondta zajęli Szawle, Rosienie i Szadów. Rzeczywiste zamiary Bermondta odsłonił na początku grudnia generał von der Goltz, który w wywiadzie dla wychodzącej w Kopenhadze rosyjskiej gazety „Wozrożdienje” stwierdził, że celem białogwardyjskiego rządu Rosji, z którym zgadza się Bermondt, jest stworzenie federacji Wielkiej Rosji, obejmującej m. in. Litwę, Łotwę i Estonię. Jeśli bowiem prowincje bałtyckie będą samodzielne, staną się wkrótce koloniami angielskimi.
Bezradny rząd kowieński zmuszony był pójść na kompromis. W dniu 11 listopada 1919 zawarto ugodę pomiędzy Litwą a reprezentantami Niemiec, występującymi w imieniu sił Bermondta. Wyznaczono linię demarkacyjną i strefę neutralną. W obliczu tych wypadków rząd polski zajął stanowisko przychylne wobec Litwy. 13 października 1919 podsekretarz stanu MSZ Władysław Skrzyński wydał deklarację, że „Polska w takiej chwili nie zajmie wrogiej postawy wobec Litwy i nawet pośrednio nie wesprze intrygi militaryzmu pruskiego”. Skrzyński dodał, że „Litwini mogą spokojnie skoncentrować swoje wojska przeciwko wojskom niemiecko-rosyjskim”. Deklaracja kończyła się naiwnym, jak się później okazało, stwierdzeniem, że „nadejdzie chwila, gdy (…) Litwini będą potrafili ocenić stanowisko Polski, która unika wszystkiego, co mogłoby wywołać rozlew krwi pomiędzy Polakami a Litwinami”.
W rezultacie wojska litewskie w dwudniowej bitwie pod Radziwiliszkami, stoczonej 21-22 listopada 1919, pokonały siły Bermondta i w następstwie wyzwoliły terytoria przez nie okupowane. Nic jednak nie zdołało zmienić nastawienia władz litewskich wobec Polaków. Na początku grudnia 1919 wszystkie litewskie partie polityczne przeprowadziły energiczną akcję przeciwko planowanemu przez rząd Galvanauskasa wznowieniu ruchu kolejowego, pocztowego i telegraficznego pomiędzy Wilnem a Kownem. Zbliżały się wybory do Sejmu Ustawodawczego, wyznaczone na 14-15 kwietnia 1920, a wraz z tym nasilała się antypolska agitacja. Litewskie gazety ubolewały, że znaczna część Litwy jest okupowana przez Polaków i mieszkańcy tych ziem nie będą mogli wziąć udziału w wyborach. Odgrażano się, że „wyrodki polskie orientujące się na Warszawę nie otrzymają w Sejmie ani jednego krzesła”.
6 lutego 1920 rząd kowieński w nocie przekazanej alianckiej Radzie Najwyższej oprócz żądania dotyczącego Kłajpedy, domagał się zwrotu Wilna i wszystkich obszarów litewskich zajętych przez Polaków. Wcześniej, w dniu 23 stycznia 1920, minister Voldemaras na posiedzeniu Taryby stwierdził, że warunkiem nawiązania stosunków z Polską jest ustalenie granicy wzdłuż linii kolejowej Lida-Wilejka-Połock.
W dniu 15 maja 1920 odbyła się uroczysta inauguracja kowieńskiego Sejmu Ustawodawczego. Polacy uzyskali ostatecznie trzy mandaty. Stosunki polsko-litewskie w dalszym ciągu pozostawały napięte.