Powstanie styczniowe wybuchło 22 stycznia 1863 r. W maju 1863 r. Michaił Murawjow został mianowany generał-gubernatorem wileńskim z nadzwyczajnymi pełnomocnictwami w zakresie tłumienia zrywu patriotycznego. Słynne stało się jego powiedzenie: ,,Nie jestem z tych Murawjowych, którzy są wieszani (tj. nie z dekabrystów), ale z tych, którzy wieszają”.
Z objęciem władzy przez Murawjowa nastał okres terroru. Więzienia i klasztory zapełniono tysiącami aresztowanych. W Wilnie doszło do kaźni przywódców powstania styczniowego. W dniu 27 czerwca 1863 r. na placu Łukiskim stracony został Zygmunt Sierakowski, wódz naczelny powstania styczniowego na Litwie. 22 marca tego roku został powieszony Konstanty Kalinowski.
Czytaj więcej: Ten kościół to znak wspólnoty. Konsekracja świątyni w Grzegorzewie
– Po stłumieniu powstania zabroniono w Wilnie i w całej Litwie używania języka polskiego w lokalach publicznych i na ulicach. Polaków usunięto ze wszystkich urzędów państwowych. Zlikwidowano wszystkie polskie szkoły, a nauczanie języka polskiego było surowo zakazane. Trzeba było obowiązkowo iść do szkoły rosyjskiej, tylko potajemnie można było się uczyć po polsku i litewsku, nawet mówić nie można było na ulicy w tych językach, groził za to mandat. Najbardziej ciemny okres trwał od powstania styczniowego aż do roku 1905 – mówi w rozmowie z „Kurierem Wileńskim” Andrzej Pukszto, politolog Uniwersytetu Witolda Wielkiego w Kownie.
Po upadku powstania styczniowego, w ramach intensywnej polityki rusyfikacyjnej zamykano też kościoły katolickie i przekształcano je w cerkwie prawosławne. W czasie rządów generała-gubernatora Murawjowa taki los spotkał niektóre kościoły wileńskie: kościół Serca Jezusowego i klasztor wizytek na Rossie, Pana Jezusa na Antokolu, augustianów przy ulicy Sawicz czy franciszkanów przy Trockiej.
Niektórych świątyń katolickich nie pozwolono odnawiać i konserwować, a podniszczone zburzono doszczętnie. W ten sposób zniknął kościół św. Józefa Oblubieńca w pobliżu kościoła Wszystkich Świętych, na jego miejscu powstał pusty plac, zwany przez wilnian Bosaczkowym. Mieszczący się przy ul. Sawicz kościół Matki Boskiej Pocieszenia w 1864 r. przerobiony został na cerkiew pw. św. Andrzeja. W dawnych budynkach klasztoru augustianów otwarto prawosławne szkoły duchowne. Podobny los spotkał w październiku 1864 r. kościół Serca Jezusowego i klasztor wizytek. W 1867 r. nastąpiło tu otwarcie oraz poświęcenie cerkwi i monasteru pw. św. Marii Magdaleny, wizytki zaś, w ramach repatriacji, wyjechały do Polski. W tym samym okresie zamknięty też został kościół Pana Jezusa na Antokolu. W 1866 r. działał już jako cerkiew prawosławna pw. św. Michała.
Po stłumieniu powstania styczniowego, Murawjow w odwecie kazał zamknąć też świątynię franciszkańską na Piaskach. Kościół Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny przebudowano, tworząc wewnątrz kondygnacje, po czym urządzono w nim archiwum sądownictwa. Bogate wyposażenie uległo zniszczeniu lub rozproszeniu.
Wileński historyk Paweł Giedroyć zauważa, że niektóre wileńskie kościoły jeszcze długo przed powstaniem styczniowym były przerobiane na cerkwie prawosławne.
– W kościele pw. św. Trójcy od 1821 r. działała prawosławna cerkiew wojskowa. Poświęcenie jej jako cerkwi Zwiastowania Najświętszej Panny miało miejsce w 1851 r. W 1919 r. świątynia została zwrócona katolikom. Po drugiej wojnie światowej kościół zamknięto. W latach 50. XX wieku mieściła się tu sala bokserska Spartak. W późniejszych latach znajdowały się tu magazyny z różnymi materiałami budowlanymi. W 1968 r. runęła część fasady z portalem, a od 1971 r. w kościele trwały prace renowacyjne. W 2004 r. założone zostało tu Sanktuarium Miłosierdzia Bożego, gdzie został umieszczony pierwszy obraz Miłosierdzia Bożego ,,Jezu, ufam Tobie” namalowany w 1934 r. przez wileńskiego malarza Eugeniusza Kazimirowskiego ze słów siostry Faustyny – opowiada historyk.
Wileński kościół pw. św. Kazimierza został zamknięty po powstaniu listopadowym w 1831 r.
– W 1840 r. został przerobiony na prawosławny katedralny sobór pw. św. Mikołaja Cudotwórcy. Po drugiej wojnie światowej został zamknięty. Trzymano tu beczki z winem, które wożono do pobliskiej świątyni greko-katolickiej pw. św. Trójcy, gdzie najpierw znajdowała się rozlewnia wina, a następnie, w latach 60. i 70. warsztaty mechaniczne, należące do Instytutu Inżynierów Budowlanych – opowiada rozmówca.
W latach 1966-1988 w murach kościoła pw. św. Kazimierza czynne było muzeum ateizmu, dzięki czemu kościół odrestaurowano. Od 1990 r. funkcjonuje jako świątynia katolicka. Jest jedynym kościołem w Wilnie, w którym msze odbywają się nie tylko w języku litewskim, ale też w rosyjskim.