W 1803 zakon augustianów władze carskie skasowały, a mury klasztorne zostały przekazane Seminarium Duchownemu przy Uniwersytecie Wileńskim; w 1833 w tymże gmachu umieszczono Akademię Duchowną, którą w 1842 przeniesiono do Petersburga; po przeniesieniu Akademii Duchownej do Petersburga klasztor uległ konfiskacie, a kościół zamieniony został w 1843 na cerkiew św. Andrzeja. W 1919 kościół przekazano katolikom, a budynki poklasztorne zostały oddane częściowo Seminarium Nauczycielskiemu (od ul. Augustiańskiej), zaś od ulicy Bakszty — Uniwersytetowi, który umieścił tu bursę miejską, jadłodajnie („mensę”) akademicką i różne organizacje młodzieży akademickiej. Wcześniej, bo około 1620 r. augustianie osiedlili się w Bystrzycy nad Wilią, gdzie mieli swój klasztor.
Już w końcu XVII wieku znani byli w Wilnie misjonarze lub lazaryści — Zgromadzenie Księży Misjonarzy Świętego Wincentego a Paulo, Congregatio Missionis (CM), zgromadzenie zakonne, założone w 1625 w Paryżu przez św. Wincentego a Paulo (1581-1660); zatwierdzone w 1632 przez papieża Urbana VIII (1568-1644); do Polski sprowadzeni przez królową Ludwikę Marię Gonzagę (1611-1667). Biskupi powierzyli im większość seminariów duchownych. Do Wilna sprowadził ich biskup Aleksander Kotowicz (ok.1622-1686) w 1685 i osadził na tzw. Górce Zbawiciela (ul. Subocz), podarował też folwark w Jęczmieniszkach koło Niemenczyna. Misjonarze klasztor założyli w Wilnie w 1686 w d. pałacu Sanguszków; przy klasztorze Teofil Plater (1627-1697) ufundował kościół p.w. Wniebowstąpienia Pańskiego, wzniesiony w l. 1695-1730, zamknięty przez Rosjan w 1844, zwrócony w 1920, czynny do 1945; przy klasztorze był sad, ogród, 5 stawów rybnych, gdzie hodowano karpie i karasie; misjonarze posiadali też browar, łaźnię, kuźnię, wozownię, stajnię i innego budynki gospodarcze; prowadzili w Wilnie od 1773 misjonarskie seminarium duchowne, m. in. w tym seminarium uczył się późniejszy architekt Wawrzyniec Gucewicz (1753-1798). Seminarium władze rosyjskie zamknęły w 1844 razem z klasztorem, od 1803 działała szkoła parafialna, do której uczęszczało ok. 100 uczniów; przy klasztorze działał w l. 1788-1791 przytułek dla porzuconych niemowląt pw. Dzieciątka Jezus; od 1745 przy klasztorze istniał szpital, w którym pracowały siostry szarytki. W 1920 misjonarze powrócili do Wilna, działali tam do 1945 roku, w okresie międzywojennym w klasztorze było 9 księży, 26 kleryków i 13 braci. Jednym z ostatnich misjonarzy wileńskich był Adolf Trusewicz (1919-2001).
W końcu XVII wieku przybyli do Wilna trynitarze — Zakon Świętej Trójcy, Ordo Sanctissimae Trinitatis (OSST), zakon kanonicki, założony w 1198 przez św. Jana Mathę (1150-1213) i św. Feliksa de Valois (1127-1212), zatwierdzony przez papieży Innocentego III (1161-1216) i Honoriusza III (1148-1227). Głównym celem było uwalnianie niewolników chrześcijańskich z rąk muzułmanów (wyprawy zw. redempcjami), na które środki czerpano z zapisów lub kwesty. U schyłku XVI w. nastąpił podział na 2 gałęzie: trynitarzy trzewiczkowych i trynitarzy bosych (ruch obserwancki). Do Polski w 1685 trynitarzy bosych sprowadził kardynał Jan Kazimierz Denhoff (1649-1697). Do Wilna trynitarze przybyli z inicjatywy wojewody Kazimierza Jana Sapiehy (1637-1720) w 1693. W latach 1694-1717 na posiadłości Sapiehów, na Antokolu, wzniesiono kościół pw. Pana Jezusa, klasztor zbudowano na przełomie XVII i XVIII wieku. Drugi klasztor trynitarzy wzniesiono w Starej Słobodzie nad Wilią na początku XVIII, później to miejsce nazwano Trynopolem (miasto trynitarzy). W 1729 została założona Polska i Litewska Prowincja Trynitarzy św. Joachima. Klasztory trynitarskie w Wilnie i na Wileńszczyźnie skasowali Rosjanie w 1832.
Zakonnicy rochici, czyli Wspólnota Braci Miłosierdzia od św. Rocha, Fraternitas Misericordiae sub Titulo s. Rochi; męskie zgromadzenie zakonne, założone w 1705 z inicjatywy ks. Jana Jurałowicza przy Trzecim Zakonie św. Franciszka, przez bp. Konstantego Kazimierza Brzostowskiego (1644-1722), który też wzniósł szpital św. Rocha i kaplicę. W l. 1708-1709 podczas epidemii dżumy wszyscy rochici, opiekujący się chorymi i grzebiący zmarłych zarazili się i pomarli. W 1713 dzięki staraniom ks. Karola Lutkiewicza, biskup K. K. Brzostowski wznowił działalność rochitów w Wilnie, przekazując zakonnikom kościół św. Stefana i szpital św. Rocha, skąd zgromadzenie wzięło swoją popularną nazwę. W 1737 regułę rochitów potwierdził papież Klemens XII (1652-1740). Pierwotnie celem rochitów było pielęgnowanie i grzebanie ofiar epidemii — zgodnie z czwartym ślubem zakonnym nakazującym im miłość w ratowaniu ubogich i „powietrzem zarażonych”. Ten cel wyrażało charakterystyczne godło zakonne, przedstawiające trupią głowę i skrzyżowane pod nią piszczele, białe na czarnym tle. Znak ten nosili rochici na zakonnych czarnych płaszczach, noszonych na szarych (później białych) habitach przepasanych czarnym pasem skórzanym. Stroju dopełniała czarna czapka. W późniejszym okresie rochici oddawali się pracy duszpasterskiej w parafiach na wzór kapłanów diecezjalnych. Wspólnota składała się w większości z braci zakonnych, jednak w każdym domu przebywał jeden kapłan dla duchowej opieki nad chorymi i braćmi. Na czele Wspólnoty stał „brat starszy”. Zgromadzenie zostało skasowane przez władze rosyjskie w 1840 roku.
Na początku wieku XVIII przybyli do Wilna też pijarzy: Zakon Kleryków Regularnych Ubogich Matki Bożej Szkół Pobożnych, Ordo Clericorum Regularium Pauperum Matris Dei Scholarum Piarum (SchP, SP), zakon o charakterze apostolskim, założony w 1617 przez św. Józefa Kalasantego (1556-1648) w celu prowadzenia pracy wychowawczej i szkolnej. W 1621 nowej wspólnocie została nadana reguła, a w 1622 papież Grzegorz XV (1554-1623) dokonał zatwierdzenia zakonu (1646-1656 nastąpiło jego krótkotrwałe zniesienie). Początkowo pijarzy rozwijali się we Włoszech i Hiszpanii, później w Rzeczypospolitej, dokąd przybyli w 1642 sprowadzeni przez Władysława IV. Prowincja litewska pijarów utworzona została w roku 1736, za czasów prowincjała ks. Józefa Jastrzębskiego. Prowincja składała się początkowo z 6 kolegiów: w Wilnie, Dąbrowicy, Lubieszowie, Szczuczynie, Poniewieżu i Lidzie. Później przybywały kolegia w Zelwie, Łużkach, Wiłkomierzu, Rosieniach, Witebsku, na Śnipiszkach w Wilnie, Drohiczynie, Połocku. Kolegium w Wilnie było rezydencją prowincjałów litewskich, utrzymywało ono konwikt, o który pijarzy toczyli spór z jezuitami. Pijarzy zostali sprowadzeni do Wilna w 1722 przez biskupa wileńskiego Konstantego Kazimierza Brzostowskiego, a Antoni Kazimierz Sapieha (1689-1739), starosta merecki, nadał im na własność pałac Połubińskich, zwany później Sapieżyńskim. W roku 1726 August II wydał przywilej na osiedlenie się pijarów w Wilnie i pozwolił im na otwarcie szkół. Dekret ten mówił o szkołach niższych, a nie o gimnazjum wyższym. Pijarzy wileńscy należeli do prowincji litewskiej, która została utworzona w 1736 i istniała do 1843. Na terenie Wilna pijarzy zorganizowali szkoły niższe, a następnie z inicjatywy Stanisława Konarskiego (1700-1773) założyli kolegium, którego głównymi twórcami byli: Łukasz Rosołecki, Maciej Dogiel i ks. Tymiński. Rozkwit konwiktu wileńskiego pijarów nastąpił w latach 1756-1759, za rektorstwa Macieja Dogiela (1715-1760). Pijarzy przetrwali w Wilnie i na Litwie do 1831 roku, następnie ich klasztory i kolegia zostały zamknięte przez władze rosyjskie.
W Wilnie przebywali też zakonnicy o nazwie komuniści, księża życia wspólnego, bartoszkowie, męskie stowarzyszenie kleru świeckiego, założone w 1647 w Niemczech przez Bartholomausa Holzhausera (1613-1658), zatwierdzone w 1680 przez papieża Innocentego XI (1611-1689). Główne cele: kształcenie księży diecezjalnych, opieka nad emerytowanymi kapłanami. Komuniści żyli w dobrowolnych wspólnotach dóbr (stąd nazwa); do Rzeczypospolitej sprowadzeni 1683 przez biskupa poznańskiego S. Wierzbowskiego; prowadzili seminaria duchowne, m. in. w Wilnie, gdzie od 1736 kierowali seminarium diecezjalnym; w okresie zaborów nastąpiła kasata wszystkich domów polskich i litewskich prowadzonych przez stowarzyszenie komunistów.
Najpóźniej przybyli do Wilna redemptoryści, Zgromadzenie Najświętszego Odkupiciela, Congregatio Sanctissimi Redemptoris (CCSR, CSRS), męskie zgromadzenie zakonne o charakterze apostolskim, założone przez św. Alfonsa Marię Liguori (1696-1787) w 1732 w Neapolu, w celu pracy duszpasterskiej wśród ludzi najbardziej zaniedbanych religijnie, zatwierdzone w 1749 przez Stolicę Apostolską. Na ziemie polskie redemptoryści przybyli w 1786. W 1894 utworzyli polską wiceprowincję. Po I wojnie światowej przybyli do Wilna i w okresie międzywojennym opiekowali się kościołem św. Bartłomieja na Zarzeczu w Wilnie; w tym okresie w Wilnie mieszkało 4 księży i 4 braci zakonnych.
Ostatnimi przed pierwszą wojną światową byli salezjanie, Towarzystwo Św. Franciszka Salezego, bezhabitowe zgromadzenie zakonne, założone w 1859 w Turynie przez św. Jana Bosco (1815-1888), zatwierdzone w 1874 przez papieża Piusa IX (1792-1878). Zgromadzenie to kontynuowało działalność istniejących od 1841 oratoriów dla zaniedbanej młodzieży. Główne cele ich działalności: prowadzenie szkół i opieka nad młodzieżą. Salezjanie zajmują się też duszpasterstwem parafialnym, działalnością misyjną, wydawniczą i naukową. Do wspólnoty zakonnej salezjanów należą księża (noszą strój lokalnego duchowieństwa diecezjalnego) i bracia zwani koadiutorami (strój świecki). Pierwszy dom w Polsce powstał w 1898 w Oświęcimiu. Do Wilna salezjanie przybyli w 1924 roku, ich domy były przy Dobrej Radzie, gdzie opiekowali się kościołem Opatrzności Bożej i Serca Jezusowego, a także przy kościele św. Stefana — od 1928; prowadzili szkołę rzemieślniczą dla chłopców, pracowali w internacie jako wychowawcy, otworzyli dziecięce oratorium; do 1939 w Wilnie mieszkało 9 księży, 5 kleryków i 5 braci.
Do grecko-katolickich zakonów należą bazylianie, Ordo Sankti Basilii Magni (OSBM), są to wspólnoty zakonne w Kościele wschodnim posługujące się regułą św. Bazylego Wielkiego (329-379) z IV w., zachowujące samodzielność organizacyjną. W węższym znaczeniu bazylianie to greckokatolicki zakon mniszy powstały w wyniku unii brzeskiej (1596) z części prawosławnych klasztorów w Koronie i na Litwie, które opowiedziały się za unią brzeską i reformą organizacyjną przeprowadzoną przez Józefa Welamina Rutskiego (1574-1637) i św. Jozafata Kuncewicza (1580-1623). W wyniku reformy 1617 z pięciu klasztorów bazylianów utworzono kongregację litewską, na czele której stanął protoarchimandryta. W 1631 reforma została zatwierdzona przez papieża Urbana VIII (1568-1644). Bazylianie prowadzili w XVII i XVIII w. aktywną działalność duszpasterską, misyjną, oświatowo-wychowawczą i kulturalną, i w mniejszym stopniu — działalność charytatywną. Zajmowali się też działalnością wydawniczą i typograficzną, m. in. ośrodek ich był w Wilnie. W 1622 w kongregacji wileńskiej było 13 klasztorów bazyliańskich, w 1648 – 39 klasztorów; w latach 1744-1748 bazylianie posiadali w prowincji litewskiej (wileńskiej) 66 klasztorów, w których przebywało 446 mnichów; najbardziej znany klasztor bazyliański w prowincji litewskiej był w Wilnie (1604). Rezydencja litewskiego prowincjonała znajdowała się w klasztorze Świętej Trójcy w Wilnie. Ostatnie klasztory bazylianów w Cesarstwie Rosyjskim zostały zlikwidowane do 1839 roku.