Znanym w Wilnie sztyletnikiem był Jan Bieńkowski (1837-1863), felczer, policjant i sztyletnik w organizacji warszawskiej, wysłany do Wilna — jak podają J. Sikorska-Kulesza i T. Bairašauskaitė — przez Rząd Narodowy.
29 VII 1863 r. dokonał zamachu na marszałka szlachty guberni wileńskiej Aleksandra Domejkę (1804-1878), którego zranił sztyletem. Aresztowany, skazany na śmierć, powieszony na placu Łukiskim 28 sierpnia 1863 roku.
Generał Michaił Murawjow (1796-1866) na polecenie cesarza Aleksandra II przybył do Wilna 4 maja st. st. 1863 roku i objął stanowisko generał-gubernatora Kraju Północno-Zachodniego (Siewiero-zapadnyj kraj). Od razu po jego przybyciu do Wilna zaczęły się represje pośród ziemian, ale też z rozkazu Murawjowa poddani represji byli mieszkańcy Wilna. W ciągu dwóch miesięcy Murawjow sterroryzował miasto. Zapełniono więzienia i klasztory tysiącami aresztowanych. Wywieziono z Wilna do Wiatki biskupa Adama Stanisława Krasińskiego (1810-1891). Na placu Łukiskim padły pierwsze ofiary.
Dnia 22 maja/3 czerwca 1863 roku rozstrzelano księdza Stanisława Iszorę (1838-1863) za to, że z ambony odczytał odezwę powstańczego Rządu Narodowego. Egzekucja odbyła się w samo południe wśród dźwięku muzyki. Prowadzono księdza Iszorę przez ulicę Dominikańską na Łukiszki wśród kilkunastotysięcznego tłumu ciekawych i przerażonych. Kobiety głośno płakały. Ksiądz umarł po bohatersku, pochowano go na placu w pobliżu kościoła św. św. Jakuba i Filipa. Na miejsce, gdzie pochowano jego zwłoki, gromadziły się liczne zastępy pobożnych; wówczas Murawjow wezwał policmajstra i rzekł: „Każ pan, kiedy zmrok zapadnie, wywieźć ze czterdzieści wozów nieczystości i niech obleją nimi całe miejsce, gdzie księdza pochowano. Zobaczysz, wszyscy uciekną”. Plugawy rozkaz Wieszatiela spełniono.
Kilka dni potem, 5 czerwca, rozstrzelano na placu Łukiskim 63-letniego księdza Rajmunda Ziemackiego (1810-1863) za ogłoszenie z ambony w Wawiórce w powiecie lidzkim manifestu powstańczego, w tym że dniu rozstrzelany został młody ziemianin Wojciech Laskowski. 9 czerwca powieszono wodza żmudzkiego oddziału Bolesława Kołyszkę (1837 lub 1838-1863), 22 czerwca rozstrzelano ekonoma Leśniewskiego za namawianie włościan do powstania; 27 czerwca powieszono rannego Zygmunta Sierakowskiego (1827-1863), który, jak pisze H. Mościcki, „krwawiąc niezabliźnionymi ranami, nim zawisł na stryczku, zanosił głośny protest przeciw potwornym rządom cara”.
Murawjewowi było mało tego, że Zygmunta Sierakowskiego skazał na śmierć przez powieszenie. Mścił się też na żonie tego bohatera. Apolonii z Dalewskich Sierakowskiej nie zezwolono na ostatnie widzenie się z mężem przed jego powieszeniem. Trzy miesiące trzymano ją ciężarną w areszcie domowym, a następnie 29 września 1863 roku Murawjow rozkazał „natychmiast” wywieźć Sierakowską z Wilna, mimo zaawansowanej ciąży i tego dnia „Sierakowska Apolonia Dalewska, wdowa po Zygmuncie, za staranie o męża przed cesarzową została zesłana do guberni nowogrodzkiej”.
Jak pisał Jan Staniewicz (1823-1903): „Bardzo chorą, prawie bezwładną wywieziono z Wilna koleją 24 września 1863 r., w towarzystwie żandarma oraz położnej Józefy Boryczewskiej. Następnego dnia była w Pskowie”. Według Benedykta Dybowskiego (1833-1930), tamtejszy gubernator otrzymał rozporządzenie, aby ją zatrzymać w więzieniu do rozwiązania, „po czym dziecko, jeżeli płci męskiej, zostanie jej odebrane”, ale dzięki pomocy życzliwych Rosjan i podpisaniu oświadczenia, że jest zdrowa i prosi o przeniesienie do Nowgorodu, tego samego dnia wyjechała. Interwencji generał-gubernatora petersburskiego Aleksandra Suworowa (1804-1882), wychowanka pensjonatu jezuickiego w Petersburgu, zawdzięczać miała pozostanie w Nowgorodzie, dokąd przybyła 26 września 1863 roku. Sierakowska w Nowgorodzie urodziła córkę. Później Apolonię Sierakowską zesłano do Samary nad Wołgą. Tam w 1866 roku trzyletnia córka Zygmunta i Apolonii Sierakowskich umarła.
W ciągu całego półrocza 1863 roku z rozkazu M. Murawjowa powieszono i rozstrzelano w Wilnie ponad 20 osób. A byli to powstańcy Albert Laskowicz, rozstrzelany 24 maja 1863 r.; Aleksander Rewkowski, rozstrzelany 5 sierpnia 1863 r.; Józef Rewkowski, rozstrzelany 5 sierpnia 1863 r.; Władysław Jabłoński, rozstrzelany 7 sierpnia 1863 r.; Henryk Makowiecki, rozstrzelany 17 sierpnia 1863; Jan Marczewski, rozstrzelany 28 sierpnia 1863 r.; Władysław Nikolai (porucznik wojsk rosyjskich), rozstrzelany 13 września 1863 roku; Jan Bieńkowski, rozstrzelany 28 sierpnia 1863 r.; Kazimierz Syczuk, rozstrzelany 10 grudnia 1863 r.; Ignacy Zdanowicz, rozstrzelany 21 grudnia 1863 r.; Mieczysław Domanowski, rozstrzelany 21 grudnia 1863 roku; Tytus Dalewski, młodszy brat Aleksandra i Franciszka, rozstrzelany 30 grudnia 1863 r. Natomiast 22 marca 1864 roku powieszony został w Wilnie na placu Łukiskim Wincenty Konstanty Kalinowski (1838-1864), znany w środowisku białoruskim jako Kastuś Kalinouski, bohater Białorusi i Polski.
Ludność Wilna została sterroryzowana, ale też z pogardą odnosiła się w stosunku do Rosjan i zwłaszcza wojska carskiego. Murawjow w sprawozdaniu dla cara Aleksandra II pisał, że „ludność na ulicach Wilna dopuszcza się takich demonstracji, jak plucie na ludzi rosyjskich, a nawet na wojsko”. Na początku represji kobiety w Wilnie chodziły w strojach żałobnych, odziane w czarne suknie, takież kapelusze i obuwie. Jednakże już w czerwcu 1863 roku Michaił Murawjow pisał w liście do A. A. Zielenoja: „(…) żałoby nie ma już w Wilnie, wszystkie damy chodzą w sukniach kolorowych, tak samo w Kownie (…). Wstyd, że w Petersburgu Polacy noszą jeszcze żałobę. Onegdaj wysłałem stąd (z Wilna — M. J.) przez Psków, Newel i dalej do Wiatki tutejszego biskupa Krasińskiego, był on tajnym kierownikiem buntu”. Natomiast 4 lipca 1863 r. Murawjow do tegoż A. Zielenoja pisał: „Polacy zaczynają upadać na duchu, rozprawiają już o adresach i ułaskawieniu. W Wilnie zdejmują żałobę i wszędzie szyją suknie kolorowe”.
W 1863 roku Murawjow ściągał z domów obywateli ziemskich opłatę od wartości domu, gdyż jak pisał w liście do jednego z przyjaciół: „Wskutek ich czynów buntowniczych pozostali obywatele miasta mają różne ciężary i wydatki. W Wilnie wszystko ucichło, zaczęto nawet rzadziej żałobę. Dziś z powodu święta Bożego Ciała była ogromna procesja po całym mieście, umyślnie jej nie zakazałem; chciałem zobaczyć, do jakiego stopnia mieszkańcy Wilna się upokorzyli. Dziesiątki tysięcy wszelakiej ludności zalały place i ulice i wszystko tak się zachowywało porządnie i spokojnie, jak rzadko bywa w Petersburgu; nie było najmniejszej manifestacji (31 maja 1863 r.), a duchowieństwo było bardzo pokorne”. Murawjow inaczej widział społeczność wileńską i po swojemu komentował zdławienie, jak pisał, „polskiego buntu”.
Encyklopedie rosyjskie skrupulatnie wyliczają plon jego działalności od maja 1863 r. do kwietnia 1865r. W okresie tym rozstrzelano bądź powieszono 128 osób. Na katorgę zesłano 972 osoby. Na osiedlenie na Syberii — 1 427 osób. Do wojska wcielano 345 osób, zaś do rot aresztanckich — 864. Do guberni położonych wewnątrz Rosji zesłano 1 529 osób, równocześnie przesiedlając do nich ponadto 4 096 osób. Łącznie wskutek represji Murawjowa ucierpiało 9 341 osób. Statystyka ta nie obejmuje strat zadanych powstańcom na polu bitwy. Murawjow był twórcą nowej taktyki walki z partyzantami. Polecił on utworzyć dużo dobrze uzbrojonych, samodzielnych oddziałów, które przeczesując teren dali się partyzantom mocno we znaki. Mimo to stawiali oni żołnierzom carskim opór, staczając w sumie 72 bitwy, w tym 50 w samej guberni kowieńskiej, gdzie nawet po ujęciu i straceniu najważniejszych dowódców Antoniego Mackiewicza i Konstantego Kalinowskiego działało jeszcze 20 oddziałów.
Po stłumieniu powstania zabroniono w Wilnie i w całej Litwie używania języka polskiego w lokalach publicznych i na ulicach; w 1864 r. zawieszono jedyne pismo „Kurier Wileński”, zamknięto teatr polski. Zruszczono wszystkie szkoły, a nauczanie języka polskiego było surowo zakazane. Rozwiązano wszystkie stowarzyszenia polskie, a Polaków usunięto ze wszystkich urzędów państwowych. Nawet ludowi, modlącemu się pod Ostrą Bramą, nie wolno było odmawiać litanii po polsku, ksiądz intonował je po łacinie, a wierni powtarzali: ora pro nobis. Wprowadzono zakaz drukowania książek i czasopism w języku polskim i litewskim czcionkami łacińskimi.
Cdn.