31 sierpnia 1993 r., o godz. 23.45, ostatnie jednostki rosyjskiego wojska opuściły terytorium Litwy. Armia sowiecka, a później rosyjska, stacjonowała, z przerwą w okresie II wojny światowej, od 1940 r. Stanowisko Litwy w tej sprawie od samego ogłoszenia niepodległości było twarde i stanowcze.
„Każdy kraj ma ważne daty historyczne. Najczęściej są powiązane z ważnymi wydarzeniami, które w jeden lub drugi sposób miały wpływ na kształtowanie państwowości. (…) 11 marca 1990 r. ogłosiliśmy światu swą decyzję w sprawie bycia wolnymi i niepodległymi. Wtedy jednak na naszym terytorium stacjonowały jednostki wojskowe obcego państwa. Do faktycznej niepodległości musieliśmy przejść długą drogę, która polegała na opuszczeniu przez rosyjskie wojska Litwy. Na tej drodze mieliśmy do czynienia z doświadczonymi, rosyjskimi dyplomatami i politykami. My w tej kwestii byliśmy nowicjuszami. Mogliśmy tylko kierować się własnym doświadczeniem historycznym. Widzieliśmy niejednokrotnie cudze pułki na swej ziemi. Niejednokrotnie byli tutaj przez stulecia. Okupacja sowiecka, która trwała połowę XX wieku, przyniosła dużo cierpień i strat. Wszyscy byliśmy świadkami tej historii, dużo pamiętaliśmy i wielu spraw nie mogliśmy wybaczyć” – powiedział w 2003 r. premier Algirdas Brazauskas, który w 1993 r. pełnił funkcję prezydenta Litwy.
Twarde negocjacje
Kwestia stacjonowania wojsk sowieckich, a później rosyjskich, na terytorium Litwy została poruszona przez Najwyższą Radę i rząd Litwy od razu po ogłoszeniu niepodległości 11 marca 1990 r. Jeszcze w 1989 r. Liga Wolności i Sąjūdis zebrały ponad 1 mln. 600 tys. podpisów mieszkańców Litwy pod petycją, w której żądano, aby wojska sowieckie opuściły Litwę. Niestety, władza radziecka w żaden sposób nie chciała reagować na litewskie postulaty. Tak naprawdę, nie wiadomo, ilu rosyjskich żołnierzy stacjonowało na Litwie po 11 marca 1990 r. Większość historyków szacuje, że mogło ich być od kilkunastu do kilkudziesięciu tysięcy. Faktycznie sprawa ruszyła z miejsca 29 lipca 1991 r., kiedy podpisano umowę między Litwą a Federacją Rosyjską dotyczącą wzajemnych relacji. W umowie potępiono aneksję Litwy przez ZSRS w 1940 r. oraz oświadczono, że trzeba naprawić sprawy spowodowane okupacją. W roku następnym na Litwie odbyło się referendum. 90 proc. uczestników opowiedziało się za tym, aby rosyjskie wojska opuściły terytorium niepodległego kraju.
Pod koniec 1991 r. przestał istnieć ZSRS, a spadkobiercą sowieckiego imperium została Rosja. Między Litwą a Rosją rozpoczęły się długie i trudne negocjacje, które zakończyły się 8 września 1992 r. podpisaniem umowy. Rosja zobowiązała się wyprowadzić swe wojska do 31 sierpnia 1993 r.
Znany litewski dziennikarz i publicysta, Rimvydas Valatka, sądzi, że Litwie udało się szybko uporać z tym problemem dzięki splotowi różnych okoliczności.
– Po pierwsze, Rosji umysłem nie zrozumiesz. Po drugie, Litwie po prostu się powiodło. Po trzecie, sądzę, że duży wpływ miały osobiste relacje między ówczesnymi ministrami obrony Litwy i Rosji, Audriusem Butkevičiusem i Pawłem Gracziowem. Poza tym sądzę, że na Litwie zwyczajnie stacjonowało mniej jednostek, które ciężej było przerzucić do Rosji. Na przykład, na Łotwie funkcjonował sztab na republiki bałtyckie. Tam było mnóstwo samych generałów. Po czwarte, od samego początku Litwa zajęła stanowcze stanowisko w sprawie stacjonowania okupacyjnych wojsk na jej terytorium. Ani Polska, ani tym bardziej Łotwa tak rygorystycznie się nie wypowiadały. Niewykluczone, że Rosja po prostu chciała uniknąć zbędnego hałasu informacyjnego – dzieli się spostrzeżeniami z „Kurierem Wileńskim” Valatka, który w latach 1990-92 był deputowanym Najwyższej Rady, czyli pierwszego Sejmu niepodległej Litwy.
Chociaż faktycznie proces udało się zakończyć w przewidzianym terminie, to w ciągu roku Rosja niejednokrotnie łamała postanowienia i próbowała wymusić na Litwie wszelkiego rodzaju niekorzystne warunki. Zgodnie z umową Rosja nie miała prawa wysyłać na Litwę nowych żołnierzy, ale ten punkt był notorycznie łamany. Litwa na łamanie uzgodnień odpowiadała blokadą rosyjskich jednostek wojskowych. Zwracano się też o pomoc do państw zachodnich i organizacji międzynarodowych.
Od aneksji do niepodległości
Faktyczna okupacja Litwy przez Związek Sowiecki rozpoczęła się 15 czerwca 1940 r. Zgodnie z postanowieniami paktu Ribbentrop-Mołotow Litwa początkowo miała się znaleźć w niemieckiej strefie wpływów. Jednak po zakończeniu kampanii wrześniowej, na mocy nowych ustaleń, kontrolę nad Litwą przekazano Moskwie.
Na mocy podpisanej umowy Litwa, w zamian za odzyskanie Wilna i Wileńszczyzny, zezwoliła na sowieckie bazy wojskowe na swym terytorium. W czerwcu 1940 r. Związek Sowiecki wystosował wobec Litwy ultimatum, w którym zarzucił jej łamanie układów sojuszniczych i zażądał zgody na zwiększenie liczby stacjonujących na jej terenie wojsk sowieckich. W nocy, z 14 na 15 czerwca, rząd Litwy ugiął się przed sowiecką presją, a prezydent Antanas Smetona udał się na emigrację. Następnego dnia na Litwę wkroczyło 50 tys. żołnierzy Armii Czerwonej i oddziałów NKWD.
Na czele marionetkowego rządu stanął działacz komunistyczny, Justas Paleckis. 14 lipca odbyły się wybory do tzw. Sejmu Ludowego, które zostały sfałszowane. Po dwóch tygodniach Sejm Ludowy „wyraził” chęć dołączenia do ZSRS. 25 sierpnia Litwa oficjalnie została jedną z republik związkowych.
Okupacja Litwy zakończyła się 11 marca 1990 r., kiedy Rada Najwyższa Republiki Litewskiej przyjęła Deklarację Przywrócenia Państwa Litewskiego.