Poczynając od czasów Mendoga, Wilno chętnie przyjmowało do siebie różne zakony katolickie.
Budowano dla nich klasztory i kościoły, zaś zakonnicy pełnili nie tylko posługę duchową, lecz także zajmowali się oświatą, kształceniem dzieci szlachty i mieszczan, leczeniem chorych, jak bonifratrzy; niektórzy z nich zajmowali się rzemiosłem, inni kwestą, zakładali też ogrody, jak na przykład bernardyni, od których do naszych czasów przetrwał Ogród Bernardyński. Niżej opis chronologiczny wszystkich zakonów męskich w Wilnie. Najwcześniej przybyli do grodu nad Wilią franciszkanie, bracia mniejsi, tzw. minoryci; Ordo Fratrum Minorum (OFM). Jest to katolicki zakon żebrzący; założony przez św. Franciszka z Asyżu w 1209, zatwierdzony w 1223 przez papieża Honoriusza III (ok.1150-1227).
Reguła franciszkańska, zakładająca życie według zasad ewangelicznych, nakazuje wierne naśladownictwo Jezusa Chrystusa przez pokorę, osobisty przykład, a zwłaszcza doskonałe ubóstwo, które polegało na utrzymywanie się z pracy fizycznej, a w miarę potrzeby z jałmużny, i nieposiadaniu dóbr materialnych. Podstawowym zadaniem franciszkanów było kaznodziejstwo pokutne.
W odróżnieniu jednak od powstałego w tym samym czasie i pod pewnymi względami pokrewnego zakonu dominikanów, pierwsi franciszkanie nie mieli wykształcenia filozoficznego i stronili od uczonych dysput teologicznych; podjęli pracę w środowisku miejskim, mieli przeciwdziałać herezji i buntowi społecznemu najuboższych warstw ludności przede wszystkim przez przykład dobrowolnego ubóstwa. Franciszkanie do Polski zostali sprowadzeni ok. 1237 z Czech, natomiast na Litwie pojawili się już za czasów Mendoga; uczestniczyli w jego chrzcie; za czasów Giedymina mieli już dwa kościoły: w Nowogródku i Wilnie — św. Mikołaja. W 1323 sprowadził do Wilna 14 braci mniejszych Piotr Gasztołd, który wcześniej sam przyjął chrzest z rąk franciszkanów, osadził ich we własnym ogrodzie, w miejscu, gdzie dziś stoi kościół św. Krzyża.
Kroniki zakonne podają, że kiedy w 1345 panujący wówczas książę Olgierd wyruszył na wojnę, a wojewoda Gasztołd chwilowo opuścił Wilno, kapłani pogańscy podburzyli ludność miejską, wmawiając rzekomą winę franciszkanów w pojawieniu się zarazy w mieście. Wówczas zamordowano wszystkich zakonników. A jak podaje J. Kłos, „Gasztołd po męczeństwie pierwszych franciszkanów sprowadził nowych, nadał im rozległe grunta na ówczesnym przedmieściu, zwanym »Piaski«; tam franciszkanie wkrótce po wprowadzeniu chrześcijaństwa rozpoczęli budowę kościoła murowanego, który został poświęcony w 1421”. Wówczas było 36 zakonników. Pierwsi biskupi wileńscy — Andrzej i Jakub Plichta — byli franciszkanami.
W roku 1832 kościół franciszkanów został zajęty przez rząd carski, a zakonników wypędzono z miasta. W okresie międzywojennym, w 1934 r., franciszkanie-mniejsi bracia konwentualni powrócili do Wilna, ich klasztor znajdował się przy kościele Wniebowzięcia NMP przy ulicy Trockiej, wówczas było 5 księży i 3 braci zakonnych.
Drugim z kolei był zakon bernardynów — Zakon Braci Mniejszych Bernardynów, Ordo Fratrem Minores Regularis Observantiae (OFMObs), zakon katolicki, odłam franciszkanów o ściślejszej regule (obserwanci, reformaci), zwani popularnie brązowymi franciszkanami (w odróżnieniu od czarnych, czyli konwentualnych) — nazwa używana głównie w Polsce.
W Polsce pierwszy klasztor obserwancki pod wezwaniem św. Bernarda ze Sieny (stąd nazwa) powstał w 1453; założył go uczeń św. Bernarda — św. Jan Kapistran (został zaproszony do Krakowa przez Kazimierza IV Jagiellończyka); fundatorem był kardynał Zbigniew Oleśnicki (1389-1455). W 1452 powstał konwent obserwantów we Wrocławiu. Od imienia twórcy reformy i wezwania kościoła zaczęto obserwantów nazywać polskimi bernardynami. Bernardyni, opierając się na regule św. Franciszka, propagują życie według ideałów ewangelicznych, prowadzą działalność kaznodziejską, rekolekcyjną, poświęcają się duszpasterstwu parafialnemu.
Franciszkanie obserwanci, zwani bernardynami, sprowadzeni zostali z Krakowa do Wilna przez króla Kazimierza Jagiellończyka w 1468 roku. W 1469 kosztem Kazimierza Jagiellończyka zbudowano dla nich klasztor i drewniany kościół p.w. św. Bernarda z Sieny na lewym brzegu rzeki Wilenki, gdzie też bernardyni założyli ogród. Klasztor murowany wzniesiono ok. 1500 roku, po pożarach w 1560 i 1564 odbudowano w 1579. Przy klasztorze działał nowicjat i seminarium zakonne. Po wojnach w 1655 i 1733 klasztor wyremontowano.
W 1864 władze rosyjskie, po skasowaniu zakonu, klasztor przeznaczyły na koszary wojskowe. W 1919 władze polskie przekazały budynki klasztorne Uniwersytetowi Stefana Batorego, mieścił się tam Wydział Sztuk Pięknych. Po drugiej wojnie światowej ulokowano tu Litewski Instytut Sztuki.
Mniej więcej po 50 latach do Wilna przybyli dominikanie: Zakon Kaznodziejski, Zakon Braci Kaznodziejów, łac. Ordo Fratrum Praedicatorum (OP), zakon klerycki mendykancki (żebraczy), założony w 1206 przez św. Dominika (Domenigo de Guzmana, 1170-1221); zajmuje się duszpasterstwem, także na misjach, oraz pracą naukową (zwłaszcza w dziedzinie teologii i filozofii). Z zakonem są związane klasztory mniszek oraz wiele zgromadzeń dominikanek czynnych i instytutów, a także grupy świeckich (dawny III zakon).
Zakon powstał ze wspólnoty kaznodziejów zebranej wokół św. Dominika i w 1212 został zatwierdzony przez biskupa Tuluzy oraz papieża Honoriusza III (ok.1150-1227). Latem 1217 Dominik rozesłał braci do kilku najważniejszych ośrodków zachodniego chrześcijaństwa, m. in. Paryża i Bolonii. Tamtejsze uniwersytety były źródłem licznych powołań, a także miejscem studiów pierwszych dominikanów. W ciągu kilku lat powstało kilkadziesiąt klasztorów.
Polscy dominikanie — św. Jacek Odrowąż (1183-1257) i bł. Czesław (1180-1242), przyjęli habit od św. Dominika wiosną 1221 r.; w 1222 dotarli do Krakowa, gdzie w 1223 otrzymali od biskupa Iwona Odrowąża (ok.1160-1229) kościół św. Trójcy. W l. 1225-1228 powstawały inne klasztory.
Z Krakowa dominikanie przybyli do Wielkiego Księstwa Litewskiego. Pierwszą rezydencję założyli przy kościele św. Ducha w Wilnie w 1501 r.; w 1647 utworzona została prowincja litewska pw. Anioła Stróża. Klasztory dominikanów na Ziemi Wileńskiej działały w Wilnie: klasztor św. Ducha (1501-1832), klasztor św. Trójcy ze szpitalem (1570?-1821), św. Filipa i obojga Jakubów mały konwent na Łukiszkach (1642-1844), klasztor Znalezienia Krzyża Świętego w Werkach-Kalwarii (1669-1850. Z Krakowa do Wilna sprowadził ich król Aleksander w 1501 r.
Przekazał dominikanom kościół św. Ducha i ufundował przy nim klasztor. Według przekazów litewskich już wielki książę Giedymin około 1320 r. wzniósł dominikanom kościół i przy nim ich osadził; kościół ten w końcu XIV w. Krzyżacy spalili. I dopiero, jak wspomniano, w 1501 r. król Aleksander przekazał zakonnikom kościół św. Ducha, dom w mieście oraz źródła Wingry. Papież Aleksander VI (1431-1503) potwierdził tę fundację. Dominikanie wkrótce wyremontowali kościół, a przy nim zbudowali klasztor (ul. Dominikańska i św. Ignacego). W klasztorze posiadali bibliotekę, prowadzili aptekę, był nowicjat oraz akademia, gdzie prowadzono wykłady z teologii i filozofii, prawa kościelnego i inne przedmioty. Klasztor i kościół nawiedzały pożary: 1610, 1655, 1726, 1737, 1749.
Dominikanie przetrwali w Wilnie do 1844 r., kiedy to władze rosyjskie klasztor zamknęły, a kościół przekazali pod zarząd księży świeckich — jako parafialny. W klasztorze władze urządziły mieszkania, a w budynku przy ulicy Dominikańskiej założono księgarnię.
Drugi klasztor w Wilnie na Łukiszkach przy kościele św. Jakuba i Filipa ufundował dominikanom w 1642 roku kasztelan smoleński Jerzy Litawor Chreptowicz (1586-1650). A.H. Kirkor pisze o tym klasztorze dominikanów: „Był tu (na Łukiszkach) cmentarz, na którym grzebano ubogich mieszkańców Wilna. Jerzy Litawor Chreptowicz (…) miał na Łukiszkach obszerny pałac, a widząc z okien ubogi cmentarz, ofiarował 4 tys. złotych i polecił ks. Kamińskiemu, przeorowi zakonu dominikanów wileńskich wystawienie na nim kościółka drewnianego.
W 1642 wzniesiono kościołek p.w. św. Apostołów Filipa i obu Jakubów, a wkrótce potem zbudowano klasztorek dla 4 zakonników. Pierwszym przeorem był ks. Mikołaj Dąbrowski. Biskup wileński Abraham Wojna nadał przywilej na parafię, a dominikanie zobowiązani byli grzebać ubogich bezpłatnie. W 1655 r. Moskale kościół i klasztor spalili, a w 1684 r. wzniesiono nowy kościół drewniany z klasztorem”. W 1727 zbudowano świątynię murowaną, zaś w latach 1713-1739 przy kościele wzniesiono murowane budynki klasztorne. Przy klasztorze działała szkoła, w której wykładowcami byli ojcowie dominikanie. Przy klasztorze były też dwa cmentarze: jeden obok kościoła, drugi parafialny; oba cmentarze istniały do 1865 r. W 1723 r. Stefan Ślizień (?-ok.1777), pisarz ziemski oszmiański, ufundował szpital, który działał przy klasztorze. Szpital spłonął w 1765 r., ale dominikanie odbudowali go i utrzymywali do 1808 roku, kiedy to władze urządziły pierwszy w Wilnie szpital świecki pod nazwą św. Jakuba. Od 1809 do 1867 szpital prowadziły szarytki, siostry miłosierdzia od św. Wincentego. W 1844 r. władze rosyjskie klasztor zamknęły, a kościół przekazano księżom świeckim, którzy założyli parafię.
Trzeci klasztor dominikanów w Wilnie założył Mikołaj Stefan Pac (ok.1623-1684), sprowadzając z Warszawy dominikanów obserwantów, należących do kongregacji św. Ludwika Bertranda (1526-1581), przejęli oni klasztor w 1675 w Kalwarii i do 1700 zbudowali kościół, w 1701 założono parafię. W 1755 zakonnicy własnym kosztem, przy pomocy Michała i Krystyny Piotrowskich, skarbników orszańskich, wznieśli murowaną świątynię i klasztor dominikański, konsekrowany przez biskupa Tomasza Ignacego Zienkowicza (1717-1790), sufragana wileńskiego. W końcu XVIII, na początku XIX w. w klasztorze tym mieszkali m. in. Dominik Downarowicz, profesor filozofii, prepozyt Faustyn Ciecierski, fizyk Alojzy Korzeniewski i wybitny kaznodzieja Jakub Falkowski. W 1850 klasztor został zamknięty, a kościół pw. Znalezienia Krzyża Świętego przekazano parafii.
W pięć lat po dominikanach przybyli do Wilna karmelici trzewiczkowi lub obserwanci, Zakon Braci Najświętszej Maryi Panny z Góry Karmel, Ordo Fratrum Beatae Mariae Virginis de Monte Carmelo (OCarm), katolicki zakon klerycki. Początek zakonu dała grupa pielgrzymów-pustelników, która w 2 połowie XII w. osiedliła się w dolinie Wadi Ajn as-Sijah na górze Karmel (stąd nazwa). Od lat 30. XIII w., z powodu zagrożenia Królestwa Jerozolimskiego przez muzułmanów, grupami wracali do Europy, zakładając klasztory na Cyprze, we Włoszech, Anglii, Francji. Pustelniczą regułę, napisaną dla nich przez św. Alberta Avogardo (1149-1214), patriarchy jerozolimskiego, do nowych warunków życia dostosowali Innocnty IV (1247) i Eugeniusz IV (1432); karmelici stali się jednym z zakonów żebrzących o kontemplacyjno-czynnym trybie życia.
Cdn.