W czasie swego pobytu na Litwie modlił się on w archikatedrze wileńskiej przy grobie św. Kazimierza, w Ostrej Bramie odmówił wraz z wiernymi różaniec, miał spotkanie z wiernymi w Parku Vingis w Wilnie, spotkał się także ze społecznością polską w kościele pw. Ducha Św., a także z przedstawicielami inteligencji w kościele św. Janów. Udał się też na spotkanie z młodzieżą do Kowna, ostatnim punktem pielgrzymki była Góra Krzyży oraz Szydłowo. W tym tygodniu w stolicy odbędzie się szereg imprez upamiętniających to doniosłe wydarzenie.
Dzisiaj, 4 września społeczność wileńskiego Progimnazjum i Gimnazjum im. Jana Pawła II zaprasza na godz. 15 do Kaplicy Ostrobramskiej na Mszę Świętą dziękczynną poświęconą wizycie bł. Jana Pawła II na Litwie.
— Msza św. będzie najważniejszym punktem naszych rocznicowych obchodów wizyty apostolskiej papieża — powiedział dla „Kuriera” dyrektor Gimnazjum im. Jana Pawła II w Wilnie Adam Błaszkiewicz. — Następnie z pewnością obejrzymy wystawę fotograficzną na Placu Katedralnym, część nauczycieli uda się na koncert. Pamiętam, że wizycie papieża towarzyszyły wtedy podniosłe uczucia, a dla mnie to było szczególnie ważne wydarzenie: byłem wtedy dyrektorem budującej się szkoły polskiej, która już w 1993 roku miała przyznane imię patrona Jana Pawła II. Mieliśmy nawet sztandar, nie mieliśmy tylko jeszcze szkoły. Podczas Mszy i spotkania z Polakami w kościele św. Ducha byłem przedstawiony papieżowi jako ten dyrektor. Powiedział mi wtedy, że ma nadzieję, że Jan Paweł II czegoś w tej szkole nauczy. Zostałem z tym wezwaniem, odebrałem to jako zadanie. Niesamowite jest to, że w tym tłumie Jan Paweł II umiał jakoś dotrzeć do człowieka. Byłem wtedy stremowany mocno, ale na jakąś chwilę papież skupił uwagę tylko na mnie i to odczułem, a muszę powiedzieć, że takie odczucia są raczej rzadkością.
4 września na Placu Katedralnym w Wilnie o godz. 17 będzie uroczyście otwarta wystawa fotograficzna „Podróże apostolskie Jana Pawła II na Litwie”. Na wystawie zostaną zaprezentowane zdjęcia artystów-fotografików z Rzymu: autorstwa Arturo Mari, osobistego fotografa Jana Pawła II oraz Grzegorza Gałązki, którego zdjęcie zostało wybrane w roku 2011 przez Stolicę Apostolską jako oficjalny wizerunek nowego błogosławionego. Nie zabraknie również zdjęć wilnian: fotografika Jerzego Karpowicza oraz Viliusa Jasinevičiusa, wieloletniego wiceprezesa Związku Twórców Fotografii Artystycznej Litwy.
Tego samego dnia w Pałacu Kongresowym o godz. 19 odbędzie się uroczysty koncert „Missa Magna Beatificationis” kompozytora Michała Lorenca, jednego z najbardziej znanych polskich kompozytorów muzyki współczesnej. Zagra również Litewska Państwowa Orkiestra Symfoniczna, chór samorządu m. Wilna „Jauna muzika”, grupa „Des Orient”, soliści pod batutą dyrygenta Tadeusza Karolaka.
„Missa Magna Beatificationis” to msza muzyczna napisana specjalnie na uroczystość beatyfikacji sługi bożego Jana Pawła II. Po raz pierwszy została wykonana 2 maja 2011 r. w Bazylice św. Ignacego Loyoli w Rzymie. W czasie mszy zabrzmiała wtedy również muzyka etniczna z całego świata w wykonaniu około 150 wykonawców z Polski, Kamerunu, Iraku.
Ogółem „Missa Magna Beatificationis” tworzy 19 części, na które składają się części stałe mszy – „Kyrie eleison”, „Sanctus”, „Agnus Dei”, a również takie pieśni, jak „Ave Maria” w wykonaniu chóru w języku łacińskim i jednocześnie w języku endo przez solistę z Kamerunu, „Bogurodzica” w wykonaniu chóru i orkiestry symfonicznej, zakończona wplecionymi w pieśń elementami z hymnu polskiego. Ostatnim akordem koncertu będzie monumentalnie brzmiący ostatni fragment Koronki do Miłosierdzia Bożego. Akcent ten będzie modlitwą o zmiłowanie nad światem, a jednocześnie przypomnieniem modlitwy Jana Pawła II, wygłoszonej podczas kanonizacji św. siostry Faustyny Kowalskiej.
Podróż apostolska będzie upamiętniona również w Sejmie, który Jan Paweł II odwiedził w czasie pierwszego dnia swej wizyty. Na konferencji wygłosi odczyt biograf błogosławionego Jana Pawła II George Weigel. Zostanie również otwarta fotokronika wizyty apostolskiej.
W piątek 6 września w kościele pw. św. Jana Chrzciciela i św. Jana apostoła i ewangelisty metropolita arcybiskup wileński Gintaras Grušas dokona odsłonięcia tablicy pamiątkowej, odbędą się uroczyste obchody.
Wizyta Jana Pawła II będzie upamiętniona również na pierwszym posiedzeniu jesiennej sesji sejmowej.
Zastępca przewodniczącego Sejmu Petras Auštrevičius na Cmentarzu Antokolskim w Wilnie złoży kwiaty pod pomnikiem ku czci obrońców wolności, gdzie modlił się przed laty Jan Paweł II.