Dawne Wilno przyjmowało też chętnie zakony katolickie żeńskie, które w mieście nad Wilią miały dobre warunki do życia, modlitwy oraz prowadzenia różnych pożytecznych prac dla miejscowej ludności.
Najstarszym zakonem żeńskim w Wilnie były bernardynki, czyli Mniszki Trzeciego Zakonu Regularnego św. Franciszka z Asyżu, Moniales Terti Ordinis Regularis Sancti Francisco Assisiensis (Bernardinae) (OSFB), siostry zakonne trzeciej reguły św. Franciszka pod tytułem Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny.
Pierwszy w Polsce klasztor tej reguły założony został w Krakowie w 1459, w Wilnie na Zarzeczu — w 1495 i był to pierwszy żeński klasztor na Litwie. Adam Honory Kirkor (1818 lub 1819-1886) w swoim „Przewodniku historycznym po Wilnie” pisze: „Podług źródeł klasztornych, Barbara Radziwiłłówna, siostra Piotra Radziwiłła podkomorzego Wielkiego Księstwa Litewskiego, i Dorota Olechnowiczówna, córka wojewody wileńskiego, panny zakonne reguły św. Franciszka, w roku 1495 fundowały ten klasztor i zapisały swe domy. Od początku założenia aż do roku 1794 klasztor był drewniany, składający się z oddzielnych domków”.
Podczas wojny 1794 roku klasztor spłonął, po wojnie zakonnice z sum posagowych wzniosły klasztor murowany według projektu arch. Karola Szyldhauza nad Wilenką przy ulicy Młynowej. Bernardynki swego kościoła nie miały, toteż w 1692 zbudowano most-galerię przez Wilenkę, który połączył klasztor z kościołem św. Franciszka i Bernardyna, gdzie mniszki modliły się i słuchały mszy świętej. W 1864 klasztor władze rosyjskie zamknęły, budynki przekazano kościołowi Bernardynów, a zakonnice przeniesiono do klasztoru przy kościele św. Michała. W 1867 zburzono most-galerię. Od 1876 do pierwszej wojny światowej budynek klasztorny należał do prawosławnego Bractwa św. Ducha. Po I wojnie światowej budynek zrekonstruowano i założono mieszkania do wynajęcia.
W Wilnie miały swój dom zakonny także bernardynki (klaryski), Zakon św. Klary, Ordo Sanctae Clarae (OSC), siostry zakonne trzeciej reguły św. Franciszka, klauzulowe, zwane też: bernardynki obserwantki. Główny cel ich działania: modlitwa kontemplacyjna. Klaryski podtrzymują kult Męki Pańskiej i Eucharystii. Klasztor i kościół pw. św. Michała wzniósł dla nich Lew Sapieha (1557-1633) w 1596 roku, przy ulicy św. Anny, obecnie Maironio. A.H. Kirkor pisze, iż po zbudowaniu klasztoru przy kościele św. Michała zakonnice uroczyście zostały doń wprowadzone.
„Na czele procesji — pisze Kirkor — Lew Sapieha niósł obraz Najświętszej Maryi Panny i na ołtarzu złożył. Obraz ten słynął cudami. W roku 1670 koronowany”. W budynku klasztornym na początku mieszkały 24 siostry, które przejęły klauzurę i zdecydowały zamieszkać w klasztorze przy kościele św. Michała. Zakonnice zajmowały się rzemiosłem, posiadały też niewielki browar. Opiekowały się ubogimi dziewczętami, zajmowały się wychowywaniem dziewcząt z zamożnych rodzin, prowadziły także pensjonat. W 1864 roku, po zlikwidowaniu klasztoru na Zarzeczu, przyjęto stamtąd zakonnice do tego klasztoru. W roku 1886 władze powiadomiły zakonnice, że klasztor zostanie zlikwidowany, w maju tego roku 3 siostry przeniosły się do klasztoru benedyktynek przy kościele św. Katarzyny.
Budynek klasztorny przekazano gimnazjum żeńskiemu. W 1921 klasztor bernardynek zwrócono zakonnicom, które tajnie mieszkały w Wilnie i klasztor z zakonnicami przetrwał do 1949 roku. W okresie międzywojennym w klasztorze mieszkało 28 sióstr i 2 w nowicjacie. Siostry pracowały w przedszkolu, w szkole podstawowej, posiadały także tkalnię, która przynosiła im dochody na utrzymanie.
Trzecim zakonem żeńskim po bernardynkach w Wilnie były benedyktynki, czyli Zgromadzenie Zakonne Sióstr Benedyktynek. Przybyły one do Wilna na początku XVII wieku. Zakon benedyktynek przyczynił się wielce w wychowaniu i kształceniu panien, córek szlacheckich.
Benedyktynki — to Kongregacja Panien Benedyktynek pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi, Moniales Ordinis Sancti Benedicti (MOSB). Najstarszy klasztor benedyktynek w Polsce był w Trzebotowie na Pomorzu Zachodnim, założony w 1191. Później powstały klasztory na Śląsku, w Chełmnie i Toruniu. W XVI w. powstał klasztor benedyktynek w Nieświeżu, a w 1622 roku z Nieświeża staraniem biskupa Eustachego Wołłowicza (1571-1630) sprowadzono benedyktynki do Wilna i w tymże roku założyły klasztor w domu Horodyskich. Dzięki fundacji Jana Karola Chodkiewicza (1560-1621) i jego żony Anny Alojzy w latach 1619-1622 zbudowano niewielki kościół murowany pw. św. Katarzyny, który przejęły benedyktynki. Wzniesiono też klasztor murowany, który zachował się do naszych czasów. Benedyktynki przetrwały w Wilnie do 1945 roku. W latach międzywojennych w klasztorze przebywały 23 siostry, 2 nowicjuszki, 4 postulantki. Benedyktynki w Wilnie prowadziły gimnazjum dla 130 uczennic, pracowały w internacie i w szkole powszechnej. W czasie okupacji niemieckiej siostra Maria Mikulska ukrywała w klasztorze Żydów, m. in. uratowała życie znanemu później światowej sławy malarzowi Samuelowi Bakowi (ur. 1933), który jako dziecko został wyniesiony w worku z getta przy ulicy Subocz i ukrywał się z matką w klasztorze do 12 lipca 1944 roku.
Po II wojnie światowej benedyktynki wyjechały do Polski.
Prawie w tym samym czasie przybyły do Wilna karmelitanki bose, Mniszki Bose Zakonu Najświętszej Maryi Panny z Góry Karmel, Moniales Discalceatae Beatissimae Virginis Mariae de Monte Carmelo (OCD). Żeński zakon karmelitański powołany przez papieża Mikołaja V (1397-1455) na mocy bulli Cum nulla fidelium z 1452 roku. Jednym z bardziej znanych był klasztor Wcielenia w Avili (założony w 1486), do którego w 1535 wstąpiła Teresa Sanchez de Capeda y Ahumada (w zakonie Teresa od Jezusa — Teresa z Avili). W roku 1582 założyła w Avili klasztor pw. św. Józefa, który dał początek zakonowi karmelitanek. Klasztory terezjańskie zachowywały surową klauzurę, ubóstwo, ich celem była modlitwa i pokuta w intencji Kościoła. Był zakonem autonomicznym, w określonych sprawach podlegał jurysdykcji przełożonych własnego zakonu lub biskupa. Oprócz św. Teresy od Jezusa do najbardziej znanych karmelitanek bosych należą: św. Teresa od Dzieciątka Jezus (Św. Teresa z Lisieux, właściwie Marie Francoise Therese Martin, 1873-97) i św. Teresa Benedykta od Krzyża (wł. Edyta Stein).
W Polsce pierwszy klasztor karmelitanek bosych został założony w 1612 w Krakowie. Do Wilna zakonnice przybyły w 1638 roku. W Wilnie karmelitanki bose miały swój klasztor i kościół pod wezwaniem św. Józefa Oblubieńca. Świątynia odznaczała się bogatą i dobrze skomponowaną fasadą główną w duchu kwitnącego baroku. Klasztor zamknięto w 1865 roku, a kościół rozebrany został przez rząd rosyjski w 1876. Po nim pozostał nieregularny pusty plac (targowy), zwany Bosaczkami, znajduje się on przed Halą targową. Karmelitanki w 1938 powróciły do Wilna, w klasztorze przy ulicy Subocz przebywało 10 zakonnic do 1945 roku; w 1945 r. wyjechały do Polski.
W Wilnie istniał zakon żeński własny, wileński. Były to mariawitki, Congregatio Mariae Vitae, żeńskie zgromadzenie zakonne założone w 1737 roku przez ks. Józefa Turczynowicza, proboszcza kościoła św. Stefana w Wilnie. Zakon zatwierdził w 1752 papież Benedykt XIV (1675-1758). Celem zakonnic była praca wychowawcza i kształcenie dziewcząt. Zajmowały się też one opieką nad konwertytami z judaizmu, co powodowało zatargi z gminą żydowską. Zakonnice składały śluby czystości, ubóstwa i posłuszeństwa. Mariawitki miały niebawem 16 klasztorów na Litwie i Białorusi, ubogo uposażonych (dom i plac z ogrodem), żyjących z jałmużny i pracy swych rąk. Po 30 latach liczyły sióstr 60, a nawróconych (neofitek) około 400, za to ściągnęły na siebie gniew Żydów, którym powiodło się wyrobić u konsystorza wileńskiego wyrok kasaty. Po kasacie zakonu w 1774 przez konsystorz wileński, jego regułę ponownie potwierdził papież Klemens XIV (1705-1774). Zgromadzenie działało później głównie na Białorusi do 1842 roku. W Wilnie dwie siostry mariawitki, Róża Górska i Agata Korniłłowiczówna, w 1820 prowadziły Dom Towarzystwa Dobroczynności.
Krótko istniało w Wilnie żeńskie zgromadzenie zakonne św. Brygidy. Jest to Zakon Najświętszego Zbawiciela, Ordo Sanctissimi Salvatoris Sanctae Brigittae (OSS alv), zakon z regułą św. Augustyna, założony w 1346 w Vadstena (Szwecja) przez św. Brygidę w celu szerzenia kultu Eucharystii i Męki Pańskiej. Początkowo zakon miał charakter kontemplacyjny, lecz stopniowo stał się apostolsko-kontemplacyjny. W 1370 zatwierdzony przez papieża Urbana VI (ok.1318-1389), do Polski sprowadzono brygidki w 1394. W Wielkim Księstwie Litewskim pierwszy klasztor brygidek założył Aleksander Gosiewski (?-1639) w 1623 roku w Brześciu, w Wilnie — ok. 1650, jednakże większej roli w mieście nad Wilią zakon brygidek nie odegrał.
Wielce przysłużyły się dla Wilna siostry szarytki, czyli Zgromadzenie Sióstr Miłosierdzia Św. Wincentego a Paulo, Congregatio Puellarum Caritatis Sancti Vincentii a Paulo. Szarytki (od fr. Charite — miłosierdzie), siostry miłosierdzia, wincentynki.
Żeńskie stowarzyszenie życia apostolskiego, ukierunkowane na pracę charytatywną, założone w 1633 w Paryżu przez św. Wincentego a Paulo i św. Ludwikę Marillac; w 1654 zaaprobowane przez Stolicę Apostolską, w 1668 zatwierdzone ostatecznie; siostry składają dodatkowy ślub służby ubogim. Do szczególnego rozwoju szarytek przyczyniły się objawienia, jakich w 1830 doświadczyła nowicjuszka, św. Katarzyna Laboure; zaowocowały one rozpropagowaniem w całym świecie kultu tzw. Cudownego Medalika i związanych z nim form pobożności maryjnej oraz założeniem Stowarzyszenia Dzieci Maryi (1838). Do Polski szarytki sprowadziła w 1652 królowa Maria Ludwika Gonzaga, żona króla Jana Kazimierza.
Do Wilna szarytki zaprosił w 1745 bp Bogusław Gosiewski i osadził je w klasztorze na Górce Chrystusa, w pobliżu klasztoru misjonarzy (ul. Subocz); opiekowały się one szpitalem misjonarzy, od 1809 — szpitalem św. Jakuba i potem szpitalem Sawicz przy ul. Bakszta. W 1867 władze rosyjskie usunęły szarytki ze szpitali wileńskich. Do Wilna powróciły w 1921, zamieszkały w domu zakonnym przy ulicy Subocz, do 1939 było 11 sióstr zakonnych, prowadziły przytułek dla dzieci pw. „Dzieciątka Jezus”. W 1945 wyjechały do Polski.
Cdn.