Przy biskupstwie wileńskim działo Seminarium Duchowne Diecezjalne. Zostało założone w 1582 roku na mocy dekretu erekcyjnego, wydanego w Wilnie 11 stycznia 1582; założycielem seminarium był biskup, a potem kardynał Jerzy Radziwiłł (1556-1600), który chciał jak najprędzej wprowadzić w życie uchwały Soboru Trydenckiego.
Biskup Jerzy Radziwiłł kupił w tym roku budynek przy ulicy Biskupiej, obok pałacu biskupiego i alumnatu. Od 1774 r. seminarium mieściło się w dawnym klasztorze karmelitów przy kościele św. Jerzego. Było wydziałem teologicznym Uniwersytetu Wileńskiego. Wykładowcami w seminarium byli profesorowie uniwersytetu. Seminarium zarządzali najpierw księża jezuici, potem zakonnicy ze zgromadzenia komunistów, zwanych bartoszkami, później księża misjonarze i wreszcie księża diecezjalni. Po 1919 roku rektorem seminarium był ks. Jan Uszyło (1869-1950) , wicerektorem był Karol Lubianiec (1866-1942), zamordowany przez hitlerowców w 1942 roku w Wilejce, profesorami m. in. byli: ks. Zygmunt Lewicki (historia, sztuka kościelna, język niemiecki), ks. Stanisław Miłkowski (patrologia), ks. Adam Sawicki, późniejszy biskup (dogmatyka, homiletyka, pedagogika), ks. Adam Cichoński (Pismo Święte), ks. Józef Reszeć (filozofia).
Seminarium Duchowne Papieskie
Założone zostało w Wilnie w 1582 roku za rządów biskupa Jerzego Radziwiłła, przez legata papieskiego w Polsce Antonio Possewino (1534-1611). Papież Grzegorz XIII (1502-1585) ofiarował na ten cel 1 000 dukatów, a potem inni papieże co roku przysyłali na utrzymanie po 2 000 dukatów. Seminarium było przeznaczone dla kleryków unickich; kierowali nim jezuici. Uczyli się tam klerycy, początkowo łacińskiego obrządku, i bazylianie. Papież Benedykt XIV zalecił umieszczać w seminarium tylko unitów z archidiecezji wileńskiej, diecezji chełmskiej, włodzimierskiej, pińskiej, połockiej i smoleńskiej. Zakład ten mieścił się obok seminarium diecezjalnego, przy ulicy Biskupiej (obecnie Uniwersyteckiej) i nazywano go „alumnatem papieskim”. Alumnat dotrwał do kasaty jezuitów, po kasacie seminarium opiekowali się bazylianie, przetrwało do zamknięcia Uniwersytetu Wileńskiego. Seminarium papieskie przestało istnieć w 1830 roku.
Seminarium Duchowne Główne
Seminarium Duchowne Główne w Wilnie zostało założone przez bpa Hieronima Strojnowskiego w 1803 roku. Po wielu zabiegach udało się Strojnowskiemu wyjednać ukaz cara Aleksandra I w 1803 r.; na mocy tego ukazu w seminarium mieli się kształcić wybrani klerycy z seminariów diecezjalnych — mohylewskiego, wileńskiego, łuckiego, żmudzkiego, kamienieckiego i mińskiego, a także z seminariów unickich; w Seminarium Głównym wykładali przeważnie profesorowie Uniwersytetu Wileńskiego; mieściło się to seminarium w murach d. klasztoru augustiańskiego; klerycy słuchali wykładów teologii, historii i prawa, Pisma Świętego, a także literatury łacińskiej i polskiej, historii naturalnej, botaniki, fizyki, higieny i języków: greckiego i hebrajskiego. Ponadto obowiązkowe były: język rosyjski i niemiecki lub francuski. Pierwszym rektorem był Walenty Znamierowski, który w 1807 roku otworzył Seminarium Główne w murach augustiańskich; po śmierci Znamierowskiego w 1810 r., rektorem został Benedykt Kłągiewicz. W 1828 Kłągiewicz przyłączył do tego zakładu seminarium diecezjalne; ostatnim rektorem był ks. Markiewicz, a w 1833 seminarium to zamknięto, a na jego miejsce utworzono Akademię Duchowną Rzymsko-Katolicką. Zalążkiem akademii był Wydział Teologiczny zamkniętego Uniwersytetu Wileńskiego. 11.02. 1832 akademia rozpoczęła działalność, rektorem jej został ks. prof. Alojzy Osiński, późniejszy biskup sufragan łucki, urząd pełnił do 1839 roku; po nim rektorem został Antoni Fijałkowski, późniejszy arcybiskup mohylewski. Profesorami akademii byli m. in. Skidełł, Anioł Dowgird, Leon Borowski, Łobojko, Kukolnik; w sierpniu 1842 akademię przeniesiono do Petersburga.