Kilka samorządów stoi przed perspektywą wprowadzenia zarządu komisarycznego. Perspektywa ta nie zagraża tzw. polskim samorządom Wileńszczyzny, które swoje zarządy komisaryczne przeżyły jeszcze na przełomie lat 1991-1992, a ich skutki odczuwają do dziś.
Tym razem bezpośrednich rządów namiestnika mogą obawiać się mieszkańcy samorządów, którzy w ostatnich wyborach samorządowych wybrali ideologicznie niepasujące do siebie władze — merów i rady samorządowe. Taki scenariusz możliwy jest dla samorządów Kiejdan, Szawel, Jurborka i Szyrwint oraz niewykluczone, że spełni się też w Kownie, a także w Trokach i Szyłucie.
Spełni się pod warunkiem, jeśli wybrani w drugiej turze wyborów samorządowych 15 marca merowie tych miast nie zdołają domówić się z wybranymi dwa tygodnie wcześniej, 1 marca, radami samorządowymi ws. obsadzenia stanowisk we władzach rejonów. Problem tych samorządów polega na tym, że ich mieszkańcy powierzyli stanowiska merów osobom, które nie mają większego zaplecza politycznego w radach, żeby tam utworzyć koalicję rządzącą. Może to doprowadzić do impasu w zawarciu porozumienia między merem a radą, a to z kolei zagraża paraliżem całej administracji samorządowej.
Jeśli więc w ciągu najbliższych dwóch miesięcy od pierwszego posiedzenia nowo wybranych rad merowie i politycy kontrolujący większość w radach nie dojdą porozumienia ws. sformowania nowych władz administracji samorządowej, to samorządom tym grozi rozpuszczenie rad, rozpisanie przedterminowych wyborów i wprowadzenie zarządów komisarycznych. Przed taką perspektywą znalazły się samorządy w Kiejdanach, Szawlach, Jurborku, Szyrwintach i Kownie.
Odmienna sytuacja jest w rejonach trockim i szyłuckim, gdzie Główna Komisja Wyborcza anulowała wyniki wyborów z powodu wielu naruszeń ordynacji wyborczej, głównie ze względu na masowy proceder kupowania głosów wyborców. Nowe wybory odbędą się tam dopiero 7 czerwca, więc jeśli podczas nich powtórzy się sytuacja z wyborów marcowych i GKW anuluje wyniki również powtórnych wyborów, to będzie przesłanką do wprowadzenia w Trokach i Szyłucie zarządów komisarycznych.
Niejasna sytuacja pozostaje też w rejonie święciańskim, gdzie GKW anulowała wyniki wyborów merów. Zwyciężczyni tych wyborów Živilė Pinskuvienė, kandydatka Partii Pracy, która zebrała prawie połowę mandatów w miejscowej radzie, zaskarżyła do sądu decyzję Głównej Komisji Wyborczej. Niemniej jednak, zanim sytuacja w tym rejonie nie wyklaruje się — czy to na skutek orzeczenia sądu, czy też w wyniku nowych wyborów mera — do tego momentu praca święciańskiej rady będzie sparaliżowana, gdyż stanowisko mera jest kluczową postacią w procesie formowania nowych władz samorządu.
Przypominamy, że w spornych samorządach sytuacja skomplikowała się po wygranej w wyborach merów kandydatów, którzy nie mają liczącego się poparcia w radach samorządów. Tymczasem do kompetencji mera należy obsadzenie kluczowych stanowisk samorządowych władz, w tym wicemerów i kierownika administracji, jednak wszystkie te nominacje musi zatwierdzić rada samorządu. Ta, skonfliktowana z merem, może jednak odrzucić propozycje personalne mera, w wyniku struktura władzy może być sparaliżowana przez dłuższy czas. A to stwarza przesłanki do rozpuszczenia rady, rozpisania wyborów przedterminowych i wprowadzenia zarządu komisarycznego.
Decyzję w tej sprawie w każdym razie podejmuje Sejm na wniosek Komitetu Zarządzania Państwem i Samorządami. Przewodniczący tego komitetu poseł Valentinas Bukauskas nie chce zabiegać do przodu i mówi tylko, że litewskie ustawodawstwo przewiduje objęcie samorządów bezpośrednią kontrolą sprawowaną przez rząd.
Instytucja zarządu komisarycznego na Litwie istnieje od początków niepodległości kraju i po raz pierwszy była wypróbowana na tzw. polskich samorządach Wileńszczyzny.
4 września 1991 roku litewski parlament pod zarzutem poparcia tzw. moskiewskiego puczu rozwiązała rady rejonów solecznickiego i wileńskiego. W rejonach tych wprowadzono zarząd komisaryczny. W tym okresie doszło do nadużyć prawnych i przejęcia wielu majątków ziemskich miejscowych Polaków jedynie na podstawie rozporządzenia namiestnika rządu. Między innymi z tego powodu proces restytucji praw własności do ziemi dla miejscowych Polaków wciąż jeszcze trwa, podczas gdy w całym kraju jest już od kilku lat praktycznie zakończony.