W 1865 roku na wniosek generał-gubernatora Konstantina Kaufmana (1818-1882) zabroniono używania czcionki łacińskiej w drukach litewskich. 23 listopada 1866 generał-gubernator Kaufman polecił wycofać ze sprzedaży wszystkie książki polskie i zabronił właścicielom drukarni posiadania czcionek polskich i nakazał zniszczenie form do ich odlewania. Zarządzenia te trwały do 1905 roku. Spośród instytucji naukowych przetrwało jedynie mocno zrusyfikowane Towarzystwo Lekarskie.
W czasie rządów M. Murawjowa-Wieszatiela, z jego rozkazu w Wilnie odbudowano dwie cerkwie: Przeczystej Bogarodzicy w pobliżu rzeki Wilenki i św. Paraskiewy przy ulicy Wielkiej. Kilka kościołów przerobiono na cerkwie, m. in. św. Kazimierza i Augustianów przy ulicy Sawicz, Wizytek na Rossie, Pana Jezusa na Antokolu, św. Trójcy przy ulicy Ostrobramskiej, narzucając im bizantyjsko-moskiewskie formy i cebulaste kopułki; pozostałych świątyń katolickich nie pozwolono odnawiać i konserwować, a podniszczone zburzono doszczętnie. W ten sposób uległ zagładzie kościół św. Józefa Oblubieńca w pobliżu kościoła Wszystkich Świętych, na jego miejscu powstał pusty plac, zwany przez wilnian Bosaczkowym.
Na przestrzeni między kościołem św. Jerzego i prospektem Gieorgijewskim (obecnie Gedimino) powstał plac, na którym w latach siedemdziesiątych XIX w. z inicjatywy cara Aleksandra II zbudowano kapliczkę na cześć poległych żołnierzy rosyjskich w powstaniu 1863 r. po rosyjsku: „w polskom miatieże”. Kapliczka otrzymała imię Aleksandra Newskiego, była we wnętrzu bogato ozdobiona wieloma ikonami, mozaikami i freskami, na ścianach wywieszone były marmurowe tablice z złoconymi nazwiskami Moskali, zabitych przez powstańców; na zewnątrz ozdobiona gzymsami i różnymi ozdobami. Ludwik Czarkowski (1855-1928) w wspomnieniach pisze, że „raz w rok 30 sierpnia st. stylu w dzień Aleksandra Newskiego gimnazjaliści obowiązkowo musieli uczestniczyć w nabożeństwie przy kaplicy na placu Świętojerskim, od strony ulicy Świętojerskiej” (obecnie Gedimino).
3 marca 1904 r. ktoś z rewolucjonistów polskich próbował wysadzić kapliczkę w powietrze, jednak nie udało się. Zniszczono tylko część gzymsów oraz drzwi wejściowe. Podczas ewakuacji wojsk rosyjskich z Wilna w sierpniu 1915 roku wywieziono pomniki Aleksandra Puszkina (stał w parku Cielętnik), carycy Katarzyny II (stał na placu Katedralnym) i Michaiła Murawjowa (stał na placu d. Napoleona, obecnie Daukanto), jednak kapliczka pozostała. Dopiero latem 1919 roku zniszczyli ją całkowicie bolszewicy. W okresie międzywojennym plac ten nosił imię Elizy Orzeszkowej, po zakończeniu II wojny światowej na placu pochowano generała armii Iwana Czerniachowskiego (1906-1944), wzniesiono pomnik generała i plac nazwano imieniem Iwana Czerniachowskiego. Po odzyskaniu niepodległości przez Litwę pomnik usunięto, szczątki generała ekshumowano i odesłano do Rosji, natomiast plac nazwano — Savivaldybės aikštė. W połowie lat 2000 zbudowano pomnik Wolności i plac nazwano imieniem Vincasa Kudirki (1858-1899), poety, autora słów hymnu litewskiego.
Podczas swego urzędowania Michaił Murawjow nakazał w Wilnie budować nowe domy prywatne na modłę moskiewską, Wilno miało zatracić swoją polskość. Zmieniono również nazwy ulic, świadczyć teraz miały o rosyjskiej przeszłości miasta. Obok architektury gotyku, renesansu, baroku wystąpił w Wilnie styl rosyjski o charakterze garnizonowym, który wręcz gryzł się, a nie harmonizował z wcześniejszymi zabytkami. W przeciwieństwie do Krakowa, Wilno zostało niemal całkowicie pozbawione kultury kawiarnianej.
Po prawie rocznym pobycie w Wilnie, dokonaniu represji i mordów na powstańcach Murawjow wyjechał z Wilna w kwietniu 1864 roku. Ale Wilno nie odetchnęło, bowiem następcy M. Murawjowa nadal uciskali ludność wileńską. Program rusyfikacji Wilna, nakreślony przez Murawjowa, gorliwie wykonywali następni generał-gubernatorowie wileńscy: Konstantin Kaufman (1865-1866) w latach 1865-1866, Eduard Baranow (1811-1884) w latach 1866-1868, Aleksander Potapow (1818-1886) w latach 1868-1874, Piotr Albiedinski (1826-1883) w latach 1874-1880, Eduard Totleben (1818-1884) w latach 1880-1884, Iwan Kochanow (1825-1909) w latach 1884-1893, Piotr Orżewski (1839-1897) w latach 1893-1897, Witalij Trocki (1835-1901) w latach 1897-1901, Piotr Swiatopołk- Mirski (1857-1914) w latach 1902-1904, Aleksander Freze (1840-1818) w latach 1904-1905, Konstanty, syn Tadeusza, Krzywicki w latach 1906-1909. Symbolami triumfu przemocy miały być wystawione na placach Wilna pomniki Michaiła Murawjowa (1898) i carycy Katarzyny II (1904).
Pomimo represji okresu rządzenia w Wilnie Michaiła Murawjowa i jego następców, to, jak pisze Ludwik Czarkowski, „polskość w Wilnie, ukryta w głębi, nie wygasła. Pisma nie wychodziły, to prawda, ale z Warszawy miałeś, ile dusza zapragnęła. Toż z książkami. Tradycja miejscowa jeszcze gdzieniegdzie tlała. Sporo jeszcze było wychowańców Uniwersytetu i Akademii Medyko-Chirurgicznej. (…) Pani doktorowa Emilia Wróblewska miała coś w rodzaju pensji potajemnej dla dziewcząt. Domy Bakszewiczów i Wróblewskich znały się ze sobą, urządzały wspólne obchody, przedstawienia teatralne. W ostatnich latach — około roku 1874 i później — brał udział i syn doktorostwa Tadeusz Wróblewski. (…) Pani Fiżanowa, wdowa po nauczycielu, z domu Sielicka, utrzymywała potajemną stancję-szkółkę polską dla chłopców przy ulicy Bakszta obok szpitala Sawicz w domu Brodowskiego.
Syn jej Józef był jednym z założycieli uczniowskiego kółka czytelniczego. Zbieraliśmy się tam nieraz w zacisznym pokoiku na najwyższym piętrze (3-cim), tu czytaliśmy na głos ustępy z zakazanych Tułaczy Bolesławity (Bogdan Bolesławita, pod pseudonim Józefa Ignacego Kraszewskiego, pod którym ogłosił szereg powieści o tematyce powstańczej). W 1870 roku postępek księdza Stanisława Piotrowicza (ok. 1830-1897) dodał otuchy jednym, wstrząsnął sumieniem innych, obudził śpiących. Ksiądz ten spalił na ambonie w kościele św. Rafała tak zwany „Triebnik”, przewodnik dla kapłanów przy udzielaniu chrztu, ślubu i innych czynności. Zapytania dawane były wiernym w języku polskim. Zapytania te przetłumaczono na język rosyjski. Rozesłano do księży, aby się podpisali, że w razie zgody Stolicy Apostolskiej, przyjmą owe „Triebniki” i wprowadzą do katechizmu język rosyjski. Złapali się na tę wędkę i uczciwi kapłani, między innymi i ksiądz Piotrowicz. Wyznał to publicznie z ambony przed spaleniem „Triebnika”. Policja księdza aresztowała, wysłany został do guberni archangielskiej. (…) Krążył po mieście w licznych odpisach dość długi wiersz, opiewający to zdarzenie”.
Po tym wydarzeniu władze rosyjskie wycofały się z wprowadzenia do kościołów katolickich „Triebnika”. Ksiądz S. Piotrowicz w 1894 roku został zwolniony zesłania i pozwolono mu wyjechać do Małopolski, gdzie tego roku zmarł w Ryglicach w powiecie tarnowskim. W 1928 roku uczczono go tablicą pamiątkową w kościele św. Rafała w Wilnie.
Po zdławieniu powstania 1863 roku władze rosyjskie w Wilnie i na całej Litwie postanowiły zrusyfikować piśmiennictwo i kulturę litewską. W czerwcu 1864 roku władze gubernialne w Wilnie wydały zarządzenie dotyczące drukowania wydawnictw litewskich czcionkami rosyjskimi, tzw. „grażdanką”. Pomysł ten, którego autorami byli historyk Aleksander Hilferding (1831-1872) i kurator okręgu szkolnego wileńskiego Iwan Korniłow (1811-1901), zyskał gorących zwolenników w osobie generał-gubernatora Konstantina Kaufmana (1818-1882) oraz kilku zaprzańców, m. in. eksksiędza Antoniego Pietkiewicza, nauczyciela Jana Kreczyńskiego (ok. 1820-ok. 1890) i Stanisława Mikuckiego (1814-1890).
Były bibliotekarz Szkoły Głównej w Warszawie, później docent Szkoły Głównej Warszawskiej, S. Mikucki i J. Kreczyński oraz A. Pietkiewicz w 1864 roku napisali rosyjskimi literami elementarz litewski pt. „Abecele żemaitiszkai-lietuviszka”, który w tymże roku zarządzeniem jeszcze Murawjowa został w Wilnie wydany dla dzieci litewskich. Po wyjeździe Murawjowa z Wilna, jego następca Kaufman wyjednał specjalny okólnik ministra spraw wewnętrznych Piotra Wałujewa (1814-1908), który nakazywał wszystkim gubernatorom, aby zabronili drukowania „jakichkolwiek wydawnictw w narzeczu litewskim i żmudzkim łacińsko-polskimi literami”. Zabroniono też przywożenia druków litewskich zza granicy i rozpowszechniania ich na Litwie.
Barbarzyński zakaz wydawania druków litewskich czcionką łacińską z 1864 roku zadał straszliwy cios kulturze litewskiej, gdyż ugodził w jej najbardziej wydajną i wpływową dziedzinę — piśmiennictwo. Zakaz ten wszedł w życie w chwili, kiedy sprawa swobodnego rozwoju kulturalnego świeżo wyzwolonego z poddaństwa chłopstwa stawała się problemem pierwszorzędnej wagi. Nastał niezwykle trudny okres w dziejach narodu litewskiego. Wprawdzie Litwini w Wilnie i na całej Litwie druków pisanych literami rosyjskimi (grażdanką) nie przyjęli, książek nie kupowali, więc stopniowo wydawanie druków litewskich rosyjskimi literami zanikło, natomiast na Litwie pojawił się ruch nosicieli książek (knygnešiai), którzy druki litewskie (książki, czasopisma), wydawane czcionką łacińską przemycali na Litwę z Prus Wschodnich.
Początkowo akcje sprzeciwu wobec zakazu carskiego organizowane były przez działaczy kościelnych. Biskup Motiejus Valančius (Maciej Wołonczewski, 1801-1875) stworzył pierwszą znaną organizację kolportażu literatury litewskiej. Początkowo przesłał on do Tylży za pośrednictwem Jurgisa Bielinisa (1846-1918) pieniądze księdzu Jonasowi Zabermanasowi (1815-1900) na otwarcie drukarni, a wkrótce również teksty dziewięciu broszur nawołujących do walki przeciwko rusyfikacji. Później pojawiły się na Litwie kolejne ośrodki kolportażu prasy.
W latach 1895-1904 Wilnie działała organizacja „Dwunastu Apostołów Wileńskich” („Dvylika Vilniaus apaštalų”), której celem było pozyskanie choćby jednego kościoła katolickiego dla obrzędów w języku litewskim. Tę tajną organizację utworzyli trzej bracia: Petras Vileišis (1851-1926), Antanas Vileišis (1856-1919) i Jonas Vileišis (1872-1942), Juozapas Ambraziejus-Ambrozevičius (1855-1915), Povilas Matulionis (1860-1932), Andrius Domaševičius (1865-1935), Donatas Malinauskas (1869-1942), Gabrielius Landsbergis-Žemkalnis (1852-1916), Elijošius Nonevičius-Nonys (1863-1931) oraz Mečislovas Stankevičius, Valentinas Urbonavičius i Filomena Malinauskaitė.
Przemycaną z Prus literaturę litewskojęzyczną kolportowano na terenie całej dzisiejszej Litwy, a także na Suwalszczyźnie. Oprócz tego powstawały podziemne szkółki litewskie. Właściwie trudno było znaleźć na Litwie miasteczko lub wieś parafialną, gdzie nie byłoby możliwe nabycie prasy litewskiej. Skalę przedsięwzięcia ukazują nawet statystyki carskie: jedynie w latach1900-1902 władze carskie skonfiskowały 56 tysięcy druków litewskich pisanych czcionką łacińską.
Zatrzymywanych przy ówczesnej granicy niemiecko-rosyjskiej kolporterów książek poddawano torturom, a nierzadko rozstrzeliwano na miejscu. Najczęstszym wyrokiem była zsyłka na Syberię, lecz niekiedy kolporterów sadzano do więzień na okres od 1 roku do 5 lat. Ruch kolporterów książek uważany jest za ważny element historii świadomości narodowej Litwinów, który przyczynił się do odzyskania niepodległości przez Litwę 16 lutego 1918 r. i zachował się do dziś w pamięci historycznej Litwinów. Oficjalnie zakaz druku książek litewskich czcionką łacińską zniesiono 24 kwietnia (7 maja) 1904 roku.