Zgodnie ze swoim statutem muzeum zajmuje się lokalizowaniem, gromadzeniem, konserwacją, badaniem i rozpowszechnianiem obiektów i materiałów związanych z estońską historią wojskowości, a także badaniem historii wojskowości i rozwijaniem stosunków międzynarodowych z innymi odpowiednimi instytucjami.
Muzeum położone jest w Viimsi, przy ul. Mõisa tee, ok. 10 km na północ od Tallinna. Dawniej była to niewielka wieś. O jej istnieniu wspomniano już w duńskiej księdze spisowej z roku 1241. Viimsi została zakupiona w drugiej połowie XV w. przez zakonników z klasztoru Pirita, który był jednym z największych monasterów w północnej Europie. Dwa wieki później, w roku 1758, Elżbieta — cesarzowa Rosji (córka Katarzyny I), podarowała posiadłość estońskiemu gubernatorowi generalnemu księciu Friedrichowi Holstein-Beckowi. A po kilkukrotnej zmianie właścicieli dwór stał się własnością hrabiego Aleksandra von Buxhoevedena w 1818 r., który nakazał zbudowanie obecnego budynku. W roku 1919 dwór został przekazany Republice Estońskiej.
W 1923 r. parlament przyznał posiadłość generałowi porucznikowi Johanowi Laidonerowi za jego zasługi w wojnie o niepodległość. Dwór pozostał własnością Laidonera do 1940 r.
Po odzyskaniu przez Estonię niepodległości i odejściu wojsk rosyjskich powstało pytanie, co zrobić z dworem Viimsi, dawną letnią rezydencją generała Johana Laidoneera, naczelnego dowódcy estońskich sił zbrojnych. Do początku 1990 r. dwór mieścił jednostkę nadzoru radiowego Radzieckiej Marynarki Wojennej Bałtyku, która pozostawiła swój „ślad” na budynku. 15 września 1993 r. Rada Parafialna Viimsi podjęła decyzję o przekształceniu dworu w Muzeum Parafialne Viimsi, które zaczęło gromadzić przedmioty i informacje związane przede wszystkim z Johanem Laidonerem.
Nowe Estońskie Muzeum Wojny powstało w roku 2001. Eksponowane są w nim wystawy ukazujące historię wojen toczonych w Estonii, służbę narodu estońskiego w wojsku innych krajów i wojnach toczonych w innych częściach świata z udziałem narodu estońskiego. W salach muzealnych znajdują się mundury i broń z okresu przedwojennego oraz te obecnie używane przez Siły Obronne. Manekiny ubrane są w mundur przedwojennego podoficera Sił Obronnych oraz fantazyjną kurtkę husarską i czerwone spodnie członka Pułku Kawalerii. Eksponowany jest również mundur polowy, broń, sprzęt i wnętrza koszar, używane przez wojsko Republiki Estońskiej, członka NATO od 2004 r. Odwiedzający mogą przymierzyć kamizelkę przeciwlotniczą, kask i uprząż.
Wśród stałych ekspozycji ważne miejsce znajduje postać gen. Johana Laidonera, naczelnego wodza Armii Estońskiej, a w latach 1922–1929 — reprezentanta Republiki Estońskiej w Lidze Narodów. Na terenie przylegającego do muzeum parku znajduje się pomnik Johana i Marii Laidonerów. Konkurs na projekt tego pomnika przyniósł 18 zgłoszeń, a zwycięzcami zostali Juhan Kangilaski i Maria Freimann, z ich pracą zatytułowaną Taaskohtumine (Reunion). Pomnik przedstawia powrót Laidonera po długiej nieobecności. Ma 4 metry wysokości i jest wykonany z czarnego granitu.
Dyrekcja muzeum planuje dalszy rozwój placówki. Potencjalną nową lokalizacją tej placówki jest twierdza morska Patarei i jej nabrzeżne otoczenie. Plan zakłada przekształcenie go w światowej klasy park tematyczny historii wojskowej, morskiej i technologicznej, we współpracy z Muzeum Morskim i innymi zainteresowanymi instytucjami z sektora publicznego, prywatnego i trzeciego.
Generał miał więzi z Polską. W roku 1904, podczas służby w armii rosyjskiej w Wilnie, poznał Polkę, szlachciankę — Marię Kruszewską, którą poślubił 30 października 1911. Następnie, w roku 1928, jako naczelny wódz Estonii gen. Laidoner złożył oficjalną wizytę w Warszawie. Dwa lata później stanął na czele tallińskiego Towarzystwa Estonia–Polska jako jego honorowy prezes. W lipcu zaś 1934 gościł w swojej posiadłości w Viimsi, przebywającego z oficjalną wizytą w Estonii, ministra Józefa Becka. We wrześniu roku 1939 zadecydował o pomocy w ucieczce z portu w Tallinnie polskiego okrętu ORP „Orzeł”, co wywołało dramatyczną w skutkach dla Estonii reakcję ZSRR. Sowieci uznali ją za pretekst do przedstawienia Estonii ultimatum z żądaniem natychmiastowego wprowadzenia Armii Czerwonej na terytorium Estonii oraz stałych baz lądowych i morskich w tym państwie. Gen. Laidoner znał język polski w stopniu pozwalającym na swobodną konwersację.
Jego żona — Polka Maria Kruszewska — herbu Abdank, pochodziła z rodziny szlacheckiej. Zdobyła wykształcenie muzyczne, była pianistką i nauczycielką muzyki. W kwietniu 1939 odbyła wraz z mężem oficjalną wizytę w Polsce. Po okupacji Estonii przez Armię Czerwoną, 19 lipca 1940, małżeństwo zostało deportowane w głąb ZSRR. Po 1956 r. władze sowieckie zezwoliły jej na powrót do Estonii. Zmarła w 1978 r. w pobliżu Viljandi. Jest pochowana na cmentarzu w Tallinie, obok swojego syna. Znała biegle kilka języków europejskich.
Czytaj więcej: Halina Kisłacz: „Jesteśmy maleńką wysepką polskości w Tallinnie”
Leszek Wątróbski