Jan „Śmiały” Kowalczys w sierpniu 1944 roku był aresztowany przez NKWD, skazany na 10 lat pozbawienia wolności. Przeżył zesłanie na Sybir, przymusowo uznany za obywatela ZSRS, karnie osiedlony w Norylsku. Wrócił w 1957 roku, osiedlił się w Polsce, w Gdańsku. Pracował jako maszynista do 1987 r., przeszedł na emeryturę. Doczekał się sześciorga dzieci i wielu wnuków.
W 1948 r. za szczególnie sumienną służbę w czasie wojny został wyróżniony przez Rząd Polski w Londynie Medalem Wojska.
– 27 września, kiedy Warszawa płonęła w ogniu i broniła się ostatnimi siłami, powstała Polska Podziemna i jej struktury. Najpierw Służba Zwycięstwu Polski, potem Związek Walki Zbrojnej, a w 1942 roku przez generała Sikorskiego ustanowiona została Armia Krajowa. Naszym hasłem było: „Bóg. Honor. Wolna Ojczyzna”. Naszą Ojczyzną była Polska Podziemna walcząca w mroku, samotna i ciemna – mówił kpt. Jan Kowalczys w 2020 roku podczas ceremonii nadania mu rangi kapitana.
Kondolencje złożyli włodarze miasta Gdańsk, radni, marszałek województwa gdańskiego, Urząd ds. Kombatantów i Os. Represjonowanych.
Jan Kowalczys prywatnie był stryjem Andrzeja Kowalczysa, radnego Gdańska, który niejednokrotnie przyjeżdżał, a w 2023 roku był członkiem delegacji Gdańska na obchody 25-lecia partnerstwa Wilna i Gdańska i 700-lecie miasta Wilna.
Opr. A.K. na podst. mat.pras., Muzeum II Wojny Światowej