Kościół św. Kazimierza jest pierwszą barokową świątynią katolicką na Starówce wileńskiej (ul. Didžioji 34). Wzniesiona została ku czci św. Kazimierza, patrona Litwy.
Kościół budowano w latach 1604–1618 jako wotum po kanonizacji św. Kazimierza Jagiellończyka. Inicjatorami budowy był spokrewniony ze świętym — król Zygmunt III Waza oraz kanclerz wielki litewski Lew Sapieha. Budowla wzorowana jest na rzymskim kościele II Gesu. Legenda głosi, że kamień węgielny, widoczny dziś na ścianie fasady, przyniosła tu ze wzgórz antokolskich procesja 700 wilnian.
Po zniszczeniach dokonanych w 1655 r. przez wojska moskiewskie oraz po pożarze w 1706 r. kościół został odnowiony przez Jana Krzysztofa Glaubitza, najsłynniejszego architekta baroku wileńskiego. W połowie XVIII w. odnowił ją Tomasz Żebrowski. Pod jego kierunkiem zbudowano wielostopniową kopułę z wysoką latarnią zwieńczoną koroną. Jest to jedyna tak imponujących rozmiarów kopuła na terenie byłego Wielkiego Księstwa Litewskiego.
W 1812 r. armia Napoleona zniszczyła wnętrze i zamieniła kościół na magazyn zboża. Podczas carskich represji po powstaniu listopadowym kościół został skonfiskowany katolikom, a w 1864 r., po powstaniu styczniowym, z rozkazu generał-gubernatora Michaiła Murawjowa, architekt rosyjski Mikołaj Czagin przebudował go na cerkiew św. Mikołaja, zastępując znajdującą się na kopule koronę prawosławnym hełmem.
Czytaj więcej: Po powstaniu styczniowym zagłada kościołów wileńskich
„Rząd carski z całą bezwzględnością postanowił wyzyskać sposobność do zupełnego wytępienia polskości z Wileńszczyzny. Przysłany do Wilna generał-gubernator Michaił Murawjow, zwany wieszatielem, w maju 1863 r. rozpoczął swą działalność. Niezliczone aresztowania i tortury w więzieniach spadły na ludność, przywódcy powstania byli traceni publicznie na placu Łukiskim, a uczestników ruchu i ich rodziny masowo wywożono na Sybir, konfiskując jednocześnie ich majątki. Zabroniono używania języka polskiego na ulicach i w lokalach publicznych, zawieszono jedyne pismo polskie »Kurjer Wileński«, zamknięto teatr polski, nauczanie, nawet prywatne, w języku polskim karano jak najcięższą zbrodnię, Polaków pousuwano ze wszystkich urzędów. Nie wolno było modlić się po polsku, ksiądz musiał intonować litanję po łacinie, a lud powtarzał »ora pro nobis«. Kościoły św. Kazimierza, Augustjanów, Wizytek, Pana Jezusa na Antokolu, św. Trójcy i wiele innych przerobiono na cerkwie, narzucając im bizantyjsko-moskiewskie formy i cebulaste kopułki” — pisał prof. Juliusz Kłos.
W 1919 r. świątynię zwrócono katolikom, w 1925 r. podczas remontu prowadzonego według projektu Jana Borowskiego usunięto znaczną część zniszczeń. Na szczycie kopuły, na miejscu cebulowatego hełmu prawosławnego, zrekonstruowano koronę. W 1949 r. kościół zamknięto, a w 1963 r. otwarto tu muzeum ateizmu. W miejscu głównego ołtarza umieszczono posąg Lenina. Muzeum zlikwidowano dopiero w 1989 r. Dwa lata później świątynię przejęli jezuici.
Przy kościele znajdował się klasztor jezuitów mieszczący dawniej kolegium jezuickie, bibliotekę oraz szpital. W latach 1921–1940 działało tu I Gimnazjum Męskie, następnie przekształcone w szkołę im. Antanasa Vienuolisa. Obecnie w budynkach poklasztornych mieści się Gimnazjum Jezuitów. W kościele msze św. odprawiane są w języku litewskim i rosyjskim.
— W kościele św. Kazimierza w niedziele rano odbywają się msze w języku rosyjskim dla katolików obrządku łacińskiego. Z kolei w pobliskim kościele Świętej Trójcy modlą się unici z Ukrainy. W obydwu kościołach niedzielne msze odprawiane są o godzinie dziewiątej — informuje „Kurier Wileński” Živilė Peluritienė, rzeczniczka prasowa Kurii Archidiecezji Wileńskiej.
Czytaj więcej: Archidiecezja wileńska i Rycerze Kolumba zaopiekowali się uchodźcami wojennymi z Ukrainy