Parlamentarna komisja śledcza ustaliła, że na Litwie były stworzone warunki do funkcjonowania ośrodków więziennych CIA, jak również stworzono warunki do wwożenia i wywożenia z Litwy osób zatrzymanych przez CIA. Śledztwo jednak nie potrafiło ustalić, czy skorzystano z tych możliwości. Z amerykańskim wywiadem współpracował litewski Departamentu Bezpieczeństwa Państwowego (DBP).
W trakcie dochodzenia ustalono, że ówczesne kierownictwo DBP nie poinformowało o tym w należyty sposób najwyższych przywódców państwa. Tym wątkiem tajnych więzień CIA ma zająć się Prokuratura Generalna.
„Ustaliliśmy, że pomieszczenia były. I były możliwości przekraczania granicy Litwy, były również samoloty związane z CIA” — oświadczył przewodniczący sejmowego Komitetu ds. Bezpieczeństwa i Obrony Arvydas Anušauskas.
W trakcie dochodzenia ustalono, że więzienia mogły być urządzone w dwóch miejscach. Pierwsze, na prośbę Amerykanów, rozmieszczono w 2002 roku w pomieszczeniach należących do DBP w Wilnie przy ulicy Sierakauskio. Miała być tam więziona jedna osoba podejrzana o terroryzm międzynarodowy. Jednak prawdopodobnie przy ulicy Sierakauskio nikt nie był więziony. Swym podwładnym kierownictwo Departamentu mówiło, że najwyższe władze państwa są poinformowane o tym ośrodku. Jednak ówczesny prezydent Valdas Adamkus, jak i premier Algirdas Brazauskas oraz przewodniczący Sejmu Artūras Paulauskas twierdzą, że nie dysponowali taką informacją.
Drugi ośrodek prawdopodobnie mieścił się w podwileńskich Antowilach w bazie szkoleniowej DBP. Urządzono go w 2004 roku. Osoby związane z tym obiektem powiedziały podczas śledztwa, że nic niewiedzą, czy były tam przetrzymywane jakieś osoby. Jednak, zdaniem posłów ze śledczego komitetu „pomieszczenia w Antowilach są urządzone w ten sposób, że dają możliwość do niekontrolowanych przez funkcjonariuszy DBP działań „partnerów”.
Według amerykańskiej telewizji ABC News, która latem tego roku pierwsza nagłośniła sprawę tajnych więzień na Litwie, właśnie w Antowilach w latach 2004-2005 funkcjonowało tajne więzienie dla ośmiu osób podejrzanych o terroryzm i związanych z Al-Kaidą.
Śledztwo ustaliło także, że w portach lotniczych Wilna i Połągi w latach 2003-2006 lądowały samoloty, które prawdopodobnie były związane z CIA. Samoloty były spotykane przez funkcjonariuszy litewskiej bezpieki. Litewskim służbom granicznym uniemożliwiono skontrolowanie pasażerów oraz ładunków przewożone w tych samolotach. O tych działaniach swych podwładnych władze DBP również nie informowały przywódców państwa.
Jak powiedziała wchodząca w skład parlamentarnej komisji śledczej minister obrony Litwy Rasa Juknevičienė: „Śledztwu nie udało się postawić kropki nad „i”. Jej zdaniem, jednak wyniki dochodzenia nie pogorszą stosunków Litwy ze Stanami Zjednoczonymi.
Z kolei inny członek komisji i lider parlamentarnej opozycji Valentinas Mazuronis oświadczył, że „dla państwa jest bardzo ważne pytanie, czy istnieje możliwość, że ktokolwiek, czy jakaś niekontrolowana przez państwo grupa osób mogą robić, co chcą”.