W połowie stycznia 2017 roku Fundacja „Pomoc Polakom na Wschodzie”, wykonując obowiązki związane z nadzorem sprawozdań oraz oceną merytoryczną i finansową wydatkowania dotacji dla Zarządu Głównego Związku Polaków na Litwie, stwierdziła rażące naruszenia prawa polskiego oraz podstawowych zasad rachunkowości. Jednoznacznie stwierdzono, że część dotacji przekazanych Zarządowi Głównemu Związku Polaków na Litwie nie została wykorzystana zgodnie z umową, bądź też w ogóle nie została zrealizowana, co starano się zataić przed Zarządem Fundacji „Pomoc Polakom na Wschodzie”.
Mając na uwadze troskę o zapewnienie pełnej transparentności wydatkowania polskich środków publicznych oraz realizację dotacji zgodnie z prawem, Zarząd Fundacji po wykryciu i potwierdzeniu nieprawidłowości formalno-prawych i rachunkowych, zawiadomił prokuraturę o uzasadnionym podejrzeniu popełnienia przestępstwa na szkodę Fundacji „Pomoc Polakom na Wschodzie” i Skarbu Państwa. Zarząd Fundacji „Pomoc Polakom na Wschodzie” wniósł o wszczęcie postępowania przygotowawczego i podjęcie niezbędnych czynności dowodowych.
Z uwagi na międzynarodowy charakter sprawy, mogący mieć wpływ na interesy Państwa Polskiego, ustalono specjalny tryb procedowania. Na wniosek poszkodowanego prokuratura zarządziła klauzulowy tryb procedowania zgodny z obowiązującym prawem.
W chwili obecnej, z uwagi na toczące się postępowanie oraz jego szczególny charakter, Zarząd Fundacji „Pomoc Polakom na Wschodzie” nie może udzielać bardziej szczegółowych informacji.
Zarząd Fundacji „Pomoc Polakom na Wschodzie”